Ⅱ级生物安全柜又称为层流生物安全柜。与工级生物安全柜不同之处是进入的空气先经HEPA过滤，保证覆盖台面上的空气是无菌的，不仅提供个人防护，也保护样品不受污染。Ⅱ级生物安全柜共分Ⅱ级A和Ⅱ级B型2种，又可进一步再分为Ⅱ级A 1、Ⅱ级A 2、Ⅱ级B 1、Ⅱ级B2型。Ⅱ级生物安全是自遏型的。流动空气中的70％可以反复循环再利用。
此种生物安全柜适合于细胞或***培养、接触2～3级***等级病原体的操作，如果穿正压防护服可在Ⅱ级生物安全柜上从事接触4级***等级因子的操作。
Ⅱ级A1型和A2型外排式生物安全柜有“套管式”或“伞形排气罩式”的连接。套管安装在安全柜的排风管上，将安全柜内排出的气体，引入建筑物的排气系统。在套管与安全柜排风管之间留有1个直径差为2．5 cm的开口，以便让实验室内的空气一起抽人建筑物的排风系统中。建筑物的排风能力必须能满足房间和柜中排风的要求。套管必须是可拆卸的或设计成可对生物安全柜进行操作测试类型。通常，工业安全柜，建筑物气流的波动对套管式连接的生物安全柜的功能不会有太大的影响。
Ⅱ级B1和B2型生物安全柜通过硬管，安全柜，亦即没有任何开口d、牢固地连接到建筑物的排风系统，或者***好是连接到专门的排风系统。建筑物排风系统的排风量和静压必须与生产商所的要求正好一致。对硬管道连接的生物安全柜进行认证时，安全柜厂家，要比将空气再循环送回房间或采用套管连接的生物安全柜更费时。
在过去的几年中，生物安全柜的设计已经过几次改进。主要的改进包括两方面:一是在排风系统增加高 效微粒空气滤器(high．efficiency particulate air HEPA)。HEPA滤器可以99．97％的直径在0．3 ban的粒子；对gt;0．3肿粒子的捕获达99．9％。这使所有已知的因子均可被有效地截留，保证排出的气体中不含微生物；其二，经HEPA滤过的气体覆盖工作台表面，使台面上操作器材免受污染。根据对生物遏制程度的不同，目前设计的生物安全柜有3种类型：工、Ⅱ级(A1、A2、B1、B2型)、Ⅲ级。购买时可根据各自工作性质确定需要防护的类型，选择相应的生物安全柜。
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