根腐病
根腐病主要危害板蓝根的根系，刚开始发病时，须根和侧根呈黄褐色水渍状，随着病情的发展，病部颜色变深并腐烂，地上部分发黄干枯，天气多雨发病较重。
防治措施：
（1）土壤消毒：在整地的时候，在土壤中撒入药土，也可以冬季深翻冻伐，消灭土壤中的病菌。
（2）.控水：给板蓝根浇水要适量，并及时进行中耕松土，防止土壤板结。
（3）清除病株：如果发现板蓝根了根腐病，要及时清除病株，并用生石灰给病穴以及周围的土壤进行消毒，防止病害蔓延。
（4）.化学防治：发病初期可用50%多菌灵可湿性、治枯灵可湿性500倍液，50%土菌灵500倍液，70%托布津1000倍液灌注病穴及周围植株。
小菜蛾
小菜蛾主要危害板蓝根的叶片，把叶片啃食成空洞，危害严重时仅留下叶脉。
（1）.避免连作：种植板蓝根避免和十字花科植物进行连作。
（2）.清理落叶、杂草：在种植板蓝根的时候，要及时清除田间的落叶和杂草，收获之后要彻底清园，减少病源。
（3）.化学防治：可用90%晶体800 ~ 1 000倍液、或生物Bt乳油、每亩100150克对水喷雾防治。