内镜洗消操作过程中产生的化学***、病原体气溶胶污染清洗消毒室内空气，会对工作人员造成职业伤害。目前使用的***如、邻二甲醛、等挥发气体比重均大于空气，可聚集在室内较低的空间里，如果没有新风进入，自循环换气次数再多，也只是室内污浊空气的循环，达不到降低室内污染物浓度、保护医护人员的目的。因此“规范”强调内镜室如采用机械通风，宜采取“上送下排”方式，换气次数宜＞10次/ｈ，新风量宜达到2次/ｈ，这样可以***地将污染物排出。
清洗消毒室宜分开，考虑到支气管镜可能存在分枝污染的风险，有条件的机构建议气管镜的清洗消毒室单独设置；条件不具备时洗消可以放在一个房间，但不同系统（如呼吸、消化系统）软式内镜的清洗槽、内镜自动清洗消毒机应分开设置和使用。同时必须做好清洗消毒室工作人员职业防护、房间通风换气。 清洗槽清洗机应分开不同系统（如呼吸、消化系统）软式内镜的清洗槽、内镜自动清洗消毒机应分开设置和使用。清洗过程会有残留***的污染，考虑到不同系统的内镜污染的细类不同，其对常用***抵抗力也不同，一旦交叉污染可能会造成，“规范”要求应分开。
无菌技术是按照严格的操作规程和管理制度，利用消毒和灭菌方法阻断微生物及其途径，其目的是阻断微生物经***、插管、换药、穿刺以及***等操作***伤口或***引发。无论是传统***还是内镜***，必须严格无菌操作，若腔镜器械上留有血迹或蛋白质等有机物，就会影响消毒灭菌效果。
腔镜器械所涉及较多，种类较多，且价格昂贵，结构复杂、精细，因此对清洗和消毒灭菌的要求也更高。有研究表明，使用含氯消毒液清洗腔镜器械的效果好，但氯离子具有一定的腐蚀作用，对腔镜器械有一定损害，因此不能使用含氯消毒液对腔镜器械进行消毒灭菌。