经过调查发现，引起效果不稳定有产品本身的问题，也有储运和用户使用的问题。因用户不正确使用，微生物肥料效果降低的现象十分常见，农户使用这类肥料存在诸多误区。
误区四：微生物肥料可以替代化肥。
土壤肥力由生物肥力、化学肥力、物理肥力三部分组成，使用微生物肥料后能提高土壤的生物肥力，可以间接促进化学肥力和物理肥力的提高。虽然使用微生物肥料不能完全替代化肥，但可以提高肥料的利用率，减少部分化肥的投入。
误区五：习惯与化学农yao混用，降低活性。
微生物肥料中含有活菌成分，将微生物肥料与杀***药剂混合使用且长时间放置，极易影响菌的活性，并造成部分菌死。
误区六：轻视使用量，用量不足，效果大打折扣。
使用微生物肥料产品取得好的效果，前提是要用足量。土壤中的微生物种类繁多、数量巨大，接种的外来有益菌要形成优势菌群，需要经历来自环境的考验和土壤原有微生物的竞争。
土壤温度：菌剂中的生物菌一般在土壤18-25℃时生命活动***活跃，15℃以下时生命活动开始降低，10℃以下时活动能力已很微弱，甚至处于休眠状态。因此，在阴雨天大棚蔬菜施入菌肥后，要注意调控好地温。首先控制好棚内的气温，以气温促地温回升。
土壤酸碱度：土壤偏酸或偏碱都不利于生物菌的生长繁殖，土壤pH值在6.5-7.5之间时***适合生物菌的繁殖。菜农可根据土壤的情况进行改善，让土壤pH值达到6.5-7.5，保证生物菌大量繁殖。
有些人觉得生物菌肥也能改善土壤索性就不管了，其实这种认知是片面的。生物菌肥并不能直接参与调节土壤酸碱度，主要作用还是利用生物菌改善微生态环境，算是土壤调理剂的一种，而土壤调理剂里面有专门调节酸碱度的，如果拿生物菌肥去调节土壤酸碱度，那就属于“大材小用”了。直接用在碱性的土壤里，也基本上等于是浪费了。
微生物jun种保藏的六种方法保藏方法
1．传代培养保藏法
又有斜面培养、穿刺培养、疱肉培养基培养等（后者作保藏厌氧***用），培养后于4—6℃冰箱内保存。
2．液体石蜡覆盖保藏法
是传代培养的变相方法，能够适当延长保藏时间，它是在斜面培养物和穿刺培养物上面覆盖灭菌的液体石蜡，一方面可防止因培养基水分蒸发而引起jun种四亡，另一方面可阻止氧气进入，以减弱代谢作用。
3．载体保藏法
是将微生物吸附在适当的载体，如土壤、沙子、硅胶、滤纸上，而后进行干燥的保藏法，例如沙土保藏法和滤纸保藏法应用相当广泛。
4．寄主保藏法
用于目前尚不能在人工培养基上生长的微生物，如病毒、立克次氏体、螺旋体等，它们必须在生活的动物、昆虫、鸡胚内感ran并传代，此法相当于一般微生物的传代培养保藏法。病毒等微生物亦可用其他方法如液氮保藏法与冷冻干燥保藏法进行保藏。
5．冷冻保藏法
可分低温冰箱（-20—-30℃，-50—-80℃）、干冰酒精快速东结（约-70℃）和液氮（-196℃）等保藏法。
6．冷冻干燥保藏法
先使微生物在极低温度（-70℃左右）下快速冷冻，然后在减压下利用升华现象除去水分（真空干燥）。
有些方法如滤纸保藏法、液氮保藏法和冷冻干燥保藏法等均需使用保护剂来制备细胞悬液，以防止因冷冻或水分不断升华对细胞的损害。保护性溶质可通过氢和离子键对水和细胞所产生的亲和力来稳定细胞成分的构型。保护剂有牛乳、糖类、甘油、二甲亚砜等。