经过调查发现，引起效果不稳定有产品本身的问题，也有储运和用户使用的问题。因用户不正确使用，微生物肥料效果降低的现象十分常见，农户使用这类肥料存在诸多误区。
误区四：微生物肥料可以替代化肥。
土壤肥力由生物肥力、化学肥力、物理肥力三部分组成，使用微生物肥料后能提高土壤的生物肥力，可以间接促进化学肥力和物理肥力的提高。虽然使用微生物肥料不能完全替代化肥，但可以提高肥料的利用率，减少部分化肥的投入。
误区五：习惯与化学农yao混用，降低活性。
微生物肥料中含有活菌成分，将微生物肥料与杀***药剂混合使用且长时间放置，极易影响菌的活性，并造成部分菌死。
误区六：轻视使用量，用量不足，效果大打折扣。
使用微生物肥料产品取得好的效果，前提是要用足量。土壤中的微生物种类繁多、数量巨大，接种的外来有益菌要形成优势菌群，需要经历来自环境的考验和土壤原有微生物的竞争。
在绿色食品生产中的作用
随着人民生活水平的不断提高，尤其是人们对生活质量提高的要求，国内外都在积极发展绿色农业(生态有机农业)来生产安全、无公害的绿色食品。生产绿色食品过程中要求不用或尽量少用(或限量使用)化学肥料、化学农yao和其它化学物质。它要求肥料必须首先保护和促进施用对象生长和提高品质；其次不造成施用对象产生和积累***物质；三是对生态环境无不良影响。微生物肥料基本符合以上三原则。近年来，我国已用具有特殊功能的jun种制成多种微生物肥料，不但能缓和或减少农产品污染，而且能够改善农产品的品质。
提高化肥利用率的作用
随着化肥的大量使用，其利用率不断降低已是众所周知的事实。这说明，仅靠大量增施化肥来提高作物产量是有限的，更何况还有污染环境等一系列的问题。为此各国科学家一直在努力探索提高化肥利用率达到平衡施肥、合理施肥以克服其弊端的途径。微生物肥料在解决这方面问题上有独到的作用。所以，根据我国作物种类和土壤条件，采用微生物肥料与化肥配合施用，既能保证增产，又减少了化肥使用量，降低成本，同时还能改善土壤及作物品质，减少污染。