清洗消毒室宜分开，考虑到支气管镜可能存在分枝污染的风险，有条件的机构建议气管镜的清洗消毒室单独设置；条件不具备时洗消可以放在一个房间，但不同系统（如呼吸、消化系统）软式内镜的清洗槽、内镜自动清洗消毒机应分开设置和使用。同时必须做好清洗消毒室工作人员职业防护、房间通风换气。 清洗槽清洗机应分开不同系统（如呼吸、消化系统）软式内镜的清洗槽、内镜自动清洗消毒机应分开设置和使用。清洗过程会有残留***的污染，考虑到不同系统的内镜污染的细类不同，其对常用***抵抗力也不同，一旦交叉污染可能会造成，“规范”要求应分开。
***器械生锈是长期以来困扰***供应室的普遍性问题，***器械绝大部分由金属材料做成，以钢铁材料居多，且多为不锈钢，为保持其高硬度及锋利度，多采用仅含13％Cr的不锈钢作为材料，但却相对容易生锈。
金属器械对灭菌因子的适应性比较广，它们耐高温、耐高压、耐辐射，但多数不耐腐蚀。器械生锈不仅会给***造成经济损失，而且粘有锈迹的器械表面容易形成生物膜。造成灭菌失败，引起医源性，延长患者的住院时间，增加患者的痛苦，造成资源的浪费。因此。在整个清洗、消毒及灭菌过程中要注意器械的物理性能，采用科学的清洗消毒流程，减少器械损耗。
不同种类的内镜，或者相同种类但由不同厂商生产的内镜，其适用消毒或者灭菌方式可能不同。应在购买后使用前仔细阅读厂商说明书。
14.注意液体消毒/灭菌剂是否合格。既包括了解酸化水等可能造成的腐蚀作用，也包括使用测试卡等方式保证液体消毒/灭菌剂有合适的有效浓度。
15．胆道镜、镜等可进行灭菌的软式内镜，在灭菌前要盖好帽。灭菌时步是抽真空，如果不盖好盖帽则导致气压不平衡引发的爆裂。
16．装入活检钳等附件时要多加检查。首先避免插入的附件“张冠李戴”，其次要确保附件本身是完好的，损坏的附件硬性插入也会导致内镜管道的损坏或者堵塞。