经过调查发现，引起效果不稳定有产品本身的问题，也有储运和用户使用的问题。因用户不正确使用，微生物肥料效果降低的现象十分常见，农户使用这类肥料存在诸多误区。
误区一：一个季节使用一次就可以，一次使用作用可持续多年。
部分微生物jun种施入土壤后会大量繁殖，当数量达到一定程度后就会成为优势菌群，但随着外部环境的改变，如化肥的超量使用、杀菌剂的使用、焖棚、高温等，都会导致有益菌死，从而影响有益菌群在土壤微生物系统中的地位。
要继续保持有益菌群的地位，就需要在作物的生长期多次使用微生物肥料来补充有益菌。
误区二：不注重菌的种类，认为一种菌可以解决多种问题。
少数用户在选购微生物肥料时，只注重是不是含菌，而不关注菌的种类，缺乏对症用菌的意识，使用了不对症的菌品种，产品效果难以发挥，难以达到用户目的。
现阶段在农业获得登记的微生物品种有根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、解磷类微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合***菌剂、有机物料腐熟剂、促生菌剂、菌根菌剂、生物修复菌剂等，不同品种具有的功能也不同。
误区三：超过保质期使用就没有效果。
超过保质期并不意味着产品没有效果，要区别对待。
在实际应用中，也发现了一些特例，如荧光假单胞菌剂制品(液体)，超过保质期使用，其作用非但没有减效，而且较之前更突出，有待进一步研究。
有机肥，我们通常把农家肥，各种畜禽粪便，残枝烂叶，动植物的废弃物等称为有机肥，有机肥含有的有机质，是其他单一化肥bu可比拟的，有机质中的碳元素含量丰富，碳元素也是支撑生命的载体，有机肥中含有一定量的氮磷钾以及各种微量元素等。在使用有机肥较多的土壤中，有机质含量丰富，土壤的团粒结构好，保肥保水的能力强，在有机质含量丰富的土壤里合理的使用微生物菌肥和化肥，才能更大程度的发挥肥效。有机肥营养比较全，肥效相对较长，但是肥效却不如俗效性化肥来的快。一般基施的化学肥料，一般占到每年每季的70%左右，30%作为追施，追施一般掌握在农作物的需肥营养临界期，肥料效果可好很多。
微生物肥料又称接种剂，生物肥料、菌肥等，是指含有特定微生物活提的制品，应用于农业生产，通过其中所含微生物的生命活动，增加植物养分的供应量或促进植物生长，提高产量，改善农产品品质及农业生态环境。它具有制造和协助作物吸收营养、增进土壤肥力、增强植物抗病和抗干旱能力、降低和减轻植物病虫害、产生多种生理活性物质刺激和调控作物生长、减少化肥使用、促进农作物废弃物、城市垃圾的腐熟和开发利用、土壤环境的净化和修复作用、保护环境，以及提高农作物产品品质和食品安全等多方面的***，在可持续农业战略发展及在农牧业中的地位日趋重要。