高新技术企业申请中面临的主要问题是证实企业研发费用的真实性。《高新认定管理办法》对于高新技术企业近三个会计年度的研究开发费用总额占销售收入总额的比例有严格的要求，该项指标是主管***认定高新技术企业的一项核心指标。在高新申报资料中，近三年的《企业年度研究开发费用结构明细表》和近三年研发费用专项审计报告用来证明企业研发费用的真实性。建议企业对每个研发项目的研发费用作专账管理，或者计入辅助账，以反映企业研发费用的支出情况，为企业研发费用归集的准确性和可靠性提供更有力的支持。
在我国，高新技术企业一般是指在***颁布的《******支持的高新技术领域》范围内，持续进行研究开发与技术成果转化，形成企业核心自主知识产权，并以此为基础开展经营活动的居民企业，是知识密集、技术密集的经济实体。凡经高新技术企业认定，其企业所得税税率由原来的25%降为15%，相当于在原来基础上降低了40%，连续三年，三年期满之后可以申请复审，复审通过继续享受三年税收优惠。(如年***100万，申报通过当年，即可享受减免40万的优惠，三年就可减免120万税收，六年则减免240万)。
很多企业都有这样的忧虑，怕申报了***高新技术企业认定之后，已经享受减免所得税的优惠了，其他一些***扶持类资金就不能再申报了。其实，这样的忧虑是可以不存在的，因为申报***高新技术企业并不会影响企业申报其他一些***无偿资助类项目。相应的，如果已经申报***高新技术企业认定成功的企业，在无偿资助项目立项中是有一定优先权的。
