组织的ISO9001认证分为一阶段审核和二阶段审核，第一阶段审核的时机主要体现在：认证机构在受理审核ISO9001认证申请以后，经过合同评审，按照受审核方的审核范围和专业特点组建审核组并通知受审核方，至此审核组工作开始启动，即可进人第一阶段审核，第一阶段审核通常包括在文件审核基础上的现场审核。组织ISO9001认证的内审工作，离不开内审检查表，ISO9001认证内审检查表的作用，主要有以下几点：a)始终保持ISO9001认证内审目的。
在特定情况下，第一阶段审核可不在组织的现场进行，前提是不得降低审核内容及深度要求：
1、受审核组织规模及现场范围很小，其产品生产工艺简单。
2、ISO9001认证机构对申请组织的机构、过程、资源、重要影响因素及其控制方式等己有充分的了解(如组织己依据其他标准被同一机构认证)，认为具备认证审核的条件。
3、ISO9001认证审核组有充分的资源保证，在受审核方的配合下，可确保一个阶段的审核(即在同一时间段内)满足审核深度的要求。
ISO9000认证审核员应熟悉组织的业务过程(包括过程的输入与输出)。应按照组织的业务过程，开展审核的策划与实施，确认具体过程中的活动的管理(包括策划、实施与控制是否满足标准中适用的相关要求)，并按照ISO9001：2000 4．1条款的要求作为对企业质量管理体系进行综合性评价的指导思想。应以PDCA循环的思路，关注过程结果与体系的有效性。这对于确保审核的深度是非常有益的。对于新版标准来说，按照条款实施审核的方法可能不 适用了，ISO9000认证中的一些与管理职责、资源等方面要求有关的职能的实施及结果，可能包括／体现在组织的业务过程(例如内部沟通)中。这就需要审核员根据整个审核过程所观察到的证据，在综合分析的基础上作出判断。若有未尽事宜需补签合同、协议、备忘录等，在签字前应按本程序进行评审，并得到确认。
ISO9001认证审核准则：
一、ISO9001认证审核准则是审核的依据、比较的依据，也是评价的依据
为确保审核的客观性、独立性和系统方法，在审核过程申审核员应自始至终围绕审核的准则迸行，离开审核准则的审核，是偏离审核目的的无效审核。
二、ISO9001认证审核准则是审核组与被审核方共同的基础
被审核方按照审核准则开展活动，提供证据，审核组按照审核准则进行审核，获取证据。双方离开"审核准则"这一基础，就失去了共同的语言及合作的意义。
三、其他要求可包括:
1、行业规范;
2、与有关机构的协定;
3、非法规性指南。
由于不同审核组审核目的不一样，用于依据的ISO9001认证审核准则侧重也应有所不同：第三方审核目的主要是为了组织认证注册；3、ISO9001认证审核组有充分的资源保证，在受审核方的配合下，可确保一个阶段的审核(即在同一时间段内)满足审核深度的要求。第一方审核目的主要是为了改善管埋。因此，ISO9001认证体系标准和组织适用的法规要求应是第三方审核的主要准则，组织质量管理体系文件应是第一方审核的主要准则。如果同样规模、产品的两个组织，一个组织以取证为目的，质量管理体系文件简单又少，一个组织以改善管理为目的，质量管理体系文件详细又多。第三方审核若以被审核方质量管理体系文件作为其主要审核准则的话，审核无疑成了"鞭打快牛"、"多做多错"的工具，有失公平，且消极面大。
组织ISO9001认证内部审核的实施过程如下：
1、内审前由审核组长主持召开一次简短的首次会议，相关人员参加。
2、ISO9001认证内审员进入受审部门进行现场审核时，应由受审部门负责人陪同。
3、审核人员应依据ISO9001认证新版标准，公司管理体系文件、合同及相关法律法规，按内审计划依照检查表内容进行审核，并及时记录审核情况。
4、ISO9001认证内审员应确保审核过程的客观性和公正性，在内审中若发现不符合项，应当场记录，并由被审核部门负责人确认。
5、现场审核结束，内审组内部讨论汇总分析评价审核结果，内审员确定不符合项，并开具不符合项报告，并由被审部门确认。
6、由ISO9001认证审核组长主持召开末次会议，受审方负责人和相关人员及内审小组成员参加。
初次引入ISO9000质量管理体系的企业，往往没有认真记录的习惯。他们错误地认为，只要踏踏实实地贯彻落实有关质量管理的各项控制措施，就可以确保产品质量的不断提高，也可以让顾客放心。但是，他们没有认识到，恰当的ISO9000认证质量记录，不仅可以为ISO9000质量管理体系的符合性、有效性和适宜性提供证据，而且还还可为企业进行数据分析、实现质量管理体系持续改进提供重要的基础数据。6、以往的ISO9001认证审核结论或以往的审核方案的评审结果。
