在风险排行榜中，的是内窥镜。由于内窥镜结构中包含多个小而长的开放通道，为微生物、分泌物和血液的残存与提供了环境。近年来发展起来的鼻胃镜、软式带腔喉镜等管腔极细的内镜，此问题尤其突出。
软式内镜使用后的污染物成分主要包括血液、糖类、脂肪类、蛋白类物质，尤其是以蛋白质为主的黏多糖，极易干涸造成清洗的困难，以内腔壁污染更为严重。因此内镜检查结束离开身体后，清洗越早效果越好；而快又针对性的，就是床旁处理。
内镜消毒时使用的***或灭菌剂浓度监测频率，不同的产品要求也不同，“规范”中做出了详细的说明，其原则是要求遵循产品使用说明书进行浓度监测；产品说明书未写明浓度监测频率的，一次性使用的***或灭菌剂应每批次进行浓度监测；重复使用的***或灭菌剂配制后应测定一次浓度，每次使用前进行监测；消毒内镜数量达到规定数量的一半后，应在每条内镜消毒前进行测定。一些内镜***说明数一半后增加浓度监测频次，是因为即使强调了消毒前去除残留水份，也不可能达到完全干燥的程度，包括手工处理和机器洗消。每条内镜残存的水份会不断稀释***，消毒至规定的内镜数量的一半时，***出现浓度不合格的几率大大增加。国外有些产品说明书上甚至要求每条内镜消毒前都要对***进行浓度检测。
内镜相关操作的职业防护措施
(1)加强内镜室医护人员知识培训学习，提高自我防护、医源染防范意识；
(2)内镜检查前先确定患者有无性***，如先检查HIV、HBs抗原、HCV等；
(3)在诊疗过程中，做好标准预防。医务人员操作时必须穿专用工作衣、专用工作鞋，戴防护眼镜、***口罩、帽子、橡胶手套等，并且一患者一更换手套。每位患者之间更换枕巾、口圈、弯盘等；
(4)正确洗手（六步洗手法）是预防***传播和安全防护的、的方法；
(5)进行内镜的清洗消毒时，一定要在通风良好的环境中，并且要戴好***口罩、帽子、手套、护目镜、穿专用工作衣等，以防止化学***溅入眼内并减少吸入；