有机肥翻混时，堆肥表面以下30公分处的温度超过80摄氏度，大部分无臭。一次翻混后10天，进行第二次翻混。翻混时，堆肥表面以下30公分处的温度为60摄氏度。已过10日内，第三次翻混时，堆肥表面以下30公分处的温度为40摄氏度，翻混后的温度为30摄氏度，有机肥的市场，含水量达30%左右。之后不再翻混，等待后熟。后熟一般需3～5天，多10天就能。后熟开展，堆肥即制成。这种高溫堆腐，可以把粪便中的稚虫和杂草种子等，也可大幅度减少，保证有机肥无害化处理的目的。 
有机肥与化肥比照：1）生物有机肥营养元素完备；化肥营养元素只有一种或几种。2）生物有机肥能够 改善土壤分层；化肥经常运用会造成土壤退化。3）生物有机肥能提高产品品质；化肥应用过多导致产品品质拙劣。4）生物有机肥能改善作物根际微生物群，提高绿植的抗病力虫***能力；化肥则是作物微生物群体单一，有机肥优点，易造成病虫害。5）生物有机肥能促进化肥的应用，提高化肥利用率；化肥单独运用易造成营养元素的固定不变和流失。 
有机肥能促进土壤微生物生长，有机肥，促进作物吸收利用 有机肥料含有大量的有机质，有机肥比例，是各种微生物生长和繁衍的场所。有机肥的有机物在腐熟过程中还能产生各种酚、***、酶、生长素等物质，促进作物根系生长和对养分的吸收。
减少养分固定，提高养分的有效性 有机肥含有许多有机酸、腐植质酸及其他羟基类物质，它们都具有很强的螯合能力，能与许多金属元素螯合形成螯合物，可防止土壤对这些营养元素的固定而失效。如有机肥与磷肥掺合施用，有机肥中的有机酸等螯合物能将土壤中活性很强的铝离子螯合，可防止铝与磷结合形成作物很难吸收的闭蓄态磷，大大提高土壤有效态磷含量。
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