自动冲洗功能给水进入反渗透系统后分成两路，一路透过反渗透膜表面变成产水，另一路沿反渗透膜表面平行移动井逐渐浓缩，在这些浓缩的水流中包含了大量的盐分，甚至还有有机物、胶体、微生物细和菌、病毒等。在反渗透系统正常运行时，给水／浓水流沿着反渗透膜表面以一定的流速流动，这些污染物很难沉积下来，但是如果反渗透系统停止运行这些污染物就会立即沉积在膜的表面，对膜元件造成污染。所以要在反渗透系统中设置自动冲洗系统利用干净的水源对膜元件表面进行停运冲洗，以防止这些污染物的沉积。
反渗透膜分离技术，由于它具有物料无相变、相对能耗低、除盐效果好、处理工艺成熟可靠，设备简单、自动化程度高，易于运行和管理等优点，近几年来在许多行业得到广泛的应用。但是，目前反渗透技术一般的设计产水率为75%，实际产水率更低，大约会产生30%的浓盐水。若原水是水质非常差的地下苦咸水，或者海水，浓水产生量会更大，可能达到50%。当前很多反渗透工艺产生的浓水都不经处理直接排放，造成水资源和能源的浪费，同时对周围的环境造成污染。针对反渗透浓水，当前的研究主要围绕三个目的展开：减量化——优化反渗透工艺设计，减少浓水的产生量；无害化——针对反渗透浓水直接排放可能对环境造成危害这一状况，探索经济有效的处理手段，将危害减轻；资源化——探索反渗透浓水再利用的途径，变废为宝。事实上，反渗透浓水的回用需要考虑多种因素，这三个目的都不是孤立的，而是需要综合考虑，互为补充。
反渗透系统的杀菌主要有两种添加方式：间断连续少量添加杀菌剂、定期冲击式大剂量添加杀菌剂
1、连续少量添加杀菌剂
在反渗透系统日常运行时，利用加药装置以较低浓度3-5PPM（即每吨进水3-5g)对反渗透系统进水连续添加杀菌剂进行杀菌，添加量可以根据微生物的含量波动进行调整，这种方式即可***菌藻的代谢功能，避免微生物在膜通道表面附着，从而有效防止微生物危害的发生。
2、定期冲击式大剂量添加杀菌剂
在反渗透系统运行5-7天，利用加药装置以较高浓度10-30PPM（即每吨进水加30-50g)作用1-3小时对反渗透系统进水间歇添加杀菌剂进行杀菌，可逐步缓慢***RO膜的表面已经形成的生物膜垢和预处理系统的生物***污染，使其脱落随浓水排出系统，也可用于配制反渗透系统停机保护液。