生物有机肥富含多种生理活性物质， 具有刺激作物根系生长、提高作物光合作用的能力，使作物根系发达，生长健壮；比如各种有机酸和酶类，可以分解转化各种复杂的有机物和快速活化土壤养分，阿维菌素型微生物有机肥的使用， 使有效养分增加，天然微生物有机肥的使用，供作物吸收利用；比如其中的抗生类物质，能提高作物的抗病能力。
有机无机养分的作用
生物有机肥中既含有氨基酸、蛋白质、糖、脂肪等有机成分，还含有N、P、K 以及对作物生长有益的中量元素（Ca、Mg、S 等）和微量元素（Fe、Mn、Cu、Zn、Mo 等）。这些养分不仅可以供作物直接吸收利用， 还能有效改善土壤的保肥性、保水性、缓冲性和通气状况等，阿维菌素型微生物有机肥的使用，为作物提供良好的生长环境。
生物有机肥的优点
作为化肥的替代品，有机肥与生物菌肥是有机农业和绿色农业的基础之一，由于两者各有不足，目前已经出现并迅速推广一种兼有两者优点的肥料——生物有机肥：
生物有机肥是指特定功能微生物与主要以动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。
生物有机肥的优点：
1 生物有机肥与化肥相比：
1） 生物有机肥营养元素齐全；化肥营养元素只有一种或几种。
2） 生物有机肥能够改良土壤；化肥经常使用会造成土壤板结。
3） 生物有机肥能提高产品品质；化肥施用过多导致产品品质低劣。
4） 生物有机肥能改善作物根际微生物群，提高植物的抗病虫能力；化肥则是作物微生物群体单一，易发生病虫害。
5） 生物有机肥能促进化肥的利用，提高化肥利用率；化肥单独使用易造成养分的固定和流失。
与施用等价的化肥相比，施用生物有机肥可使西瓜、番茄、大白菜、菜心分别增产25.5％、35.9％、41.6％、50.6％，达到极显着水平，对辣椒、花菜、棉花、水稻等也有显着的增产效果。据夏飚报道，与施用等价的磷酸二铵相比， 施用阿姆斯生物有机肥可使花生增产33％。
生物有机肥对作物品质的影响
与单施化肥相比， 生物有机肥的施用可显着增加大白菜和西瓜的直径、单株（果）质量；还可改善番茄、辣椒的品质，大同微生物有机肥的使用，使番茄和辣椒中***C 及还原糖的含量增加。通过研究不同施肥方式对生菜品质的影响， 发现施用阿姆斯生物有机肥可使生菜***C 含量增加，总酸降低，糖酸比显着增加，同时可显着降低易诱发症的xiao酸盐含量，在改善生菜口感、提高产品安全性方面具有重要作用。
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