作为接种污泥可用于淀粉、淀粉糖、柠檬酸、酒精、啤酒、造纸、蛋白、食品、味精等行业的污水处理系统中高负荷厌氧反应器(IC、EGSB、UASB等)的启动运行。一般的，在培养颗粒污泥的基质中COD:N:P=110~200:5:1。而有机废液的基质可分为偏碳水化合物类和偏蛋白质类。为了能顺利培养出颗粒污泥，对于偏碳水化合物类的污水需要添加N和P。而对于偏蛋白质类的污水需要添加碳源(如葡萄糖等)。
厌氧处理系统规模灵活，可大可小，设备简单，易于制作， 无特别昂贵的设备。它的这一生物特性为其间断的或季节性的运行提供了有利条件，厌氧污泥因此可以作为新建厌氧处理装臵的种泥出售。目前正在运行的单座厌氧处理装臵的规模从几十立方米到几万立方米不等。完全混合厌氧反应器（CSTR） 传统的完全混合厌氧反应器（CSTR）是借助消化池内厌氧活性污泥来净化有机污染物。
由于厌氧污泥中产菌对其生存条件的要求比水解酸化菌苛刻的多，所以当反应器的pH值或温度的控制范围出现很大的偏差，就会使产菌的产能力受到严重影响，而水解酸化菌所受到的影响却远远小于产菌，其结果同样会导致厌氧反应器发生酸化现象。凡是对厌氧生化反应器有运行经验的人都知道，污泥发生酸化后，会对反应器的运行效率带来严重的不良影响，如果不及时采取适当的调整措施，任由污泥继续酸化，甚至可能导致厌氧污泥产能力的完全丧失。
