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消毒 是指阻止病原微生物、但不一定能遏制***芽孢的方法。通常用化学的方法来达到消毒的作用。用于消毒的化学物质叫做***。灭菌 是指把物体上所有的微生物(包括***芽孢在内)全部消毒的方法，通常用物理方法来达到灭菌的目的。
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灭菌与消毒相比，要求更高，处理更难。灭菌必须选用能杀灭抵抗力强的微生物（***芽孢）的物理方法或化学灭菌剂，而消毒只需选用具有一定杀菌效力的物理方法、化学***或生物***。将灭菌的处理方法用于消毒不仅是杀鸡用牛刀没有必要，而且还会产生本来可以不发生的***；而如果将消毒的处理方法用于灭菌，将会导致灭菌失败。
应用的场所与处理的物品也不同。灭菌主要用于处理***中进入***无菌***的诊疗用品和需要灭菌的工业产品，消毒用于处理日常生活和工作场所的物品，也用于***中一般场所与物品的处理。