按反渗透进水水质判断;进行全系统膜元件清洗之前，可以从系统中取出一、两支膜元件，通过进行清洗试验，选择佳的清洗品。
一般来说，应先采用高pH清洗液清洗油类和微生物污染，然后采用低pH清洗液清洗无机垢类或金属氧化物污染。有时也先酸洗后碱洗，或者只采用一种剂清洗，例如地下水源的铁污染，采用简单的低pH清洗即可。有时清洗液中加入洗涤剂以便去除微生物和有机污染物;有些加入螯合剂如EDT，以便更好地去除胶体、有机物、微生物和***盐垢。如果选择清洗剂不当，或清洗顺序不当，可能会使污染恶化。
循环的时间要根据具体情况决定。一般以1小时为准。这期间要随时检测pH值是否变化。压力应该尽量保持较低的水平，尽可能的没有产水出现。同时监测压差是否有变化。
浸泡及再循环。缓慢关闭反渗透膜元件入口的阀门，循环量接近零时，关闭循环泵。为了防止液体流出压力容器，浸泡时可以关闭相关的阀门。浸泡的时间根据污染的程度决定。一般在1 – 12小时范围。浸泡后打开相关阀门再进行循环。
冲洗。用反渗透产水或离子交换水冲洗膜元件和清洗装置中的液。这时系统从循环状态替换到排放状态。用供给水冲洗膜系统。冲洗的时间大约为20 – 60分钟。可以通过测定排水的pH值和电导率来判断冲洗是否彻底，pH值和电导率的数值和进水的数值相近，并不再发生变化时就可以停止冲洗。
试运行。正常启动系统，初期产水要排放掉，直至产水的水质达到要求为止。为了得到稳定的反渗透产水水质，***的时间有时要几小时到几天时间。尤其采用碱性溶液清洗(高pH值)后，水质***需要较长的时间。
反渗透设备清洗管理办法
低压冲洗
依据***条例对反渗透设备定期进行低压冲洗有利于清除依附在反渗透膜上的污渍，保持膜的性能的稳定。
停运保护
因为生产的原因，反渗透设备经常需要停运，这会对反渗透膜性能造成影响，严重情况下会致性能丧失，河北反渗透纯水设备，不可***。
短期停运时可采用低压冲洗的方式来降低影响。值得注意的是，冲洗用的水温度不可太低，否则会影响反渗透膜，造成膜的变质。长期停运须用杀菌剂进行清洗保护工作。
化学清洗反渗透膜
正常条件下，反渗透膜上附着的无机物、微生物、金属氧化物等物质会降低反渗透膜的处理能力，造成致命的损失。为了保持反渗透膜的透水、除盐***，应对反渗透膜进行化学清洗。
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