针灸分两部分，一是针具，一是灸法。在新石器时代，受伤的人偶然被一些坚硬物体如石头、荆棘碰到身体某个部位，会出现身体疼痛减轻的现象。于是，古人开始有意识地用一些锋利的石块来刺激这些身体部位，这就是最早的针具——砭石。灸法是伴随着火的使用而形成的。我们的祖先在用火中，发现躯体的某些病痛，受到火的熏烤或灼烧后有所缓解，在得到这样的启示后逐渐发明了灸法。
针灸具有扶正祛邪作用，具体表现为补虚泻实。针灸的补虚泻实，体现在三个方面，一是刺灸法，如艾灸多用于补虚，刺血多用于泻实；二是针刺手法，古今医家已总结出多种补泻手法；三是腧穴配伍，长期大量临床经验，不少腧穴其补泻作用各异，如膏肓、气海、关元、足三里、命门等穴，有补的作用，多在扶正时应用；而十宣、中极、水沟，有泻的作用，多在祛邪时应用。现代的临床实践和实验研究证明针灸能够增强机体的免疫功能，抵抗各种致病因素的侵袭，而这种作用与中医的“扶正祛邪”相似。
起源于新石器时代，还可以从原始的针刺工具加以论证。距今2千多年以前的古书中，经常提到原始的针刺工具是石器，称为砭石。如《左传》收录的公元前550年一段史料提到“美疢不如恶石”，《山海经》记载有“高氏之山，有石如玉，可以为箴。”《素问·宝命全形论》云；“制砭石小大”等。这些都是远古人类以砭石治病的佐证。砭石治病，最初主要是用于刺破脓疡，进而作为刺络泻血之用。
