大肠菌群检测的关键在于方法的选用，食品中大肠菌群检测有两种表示方法。
1、是以100mL(g)检样内大肠菌群较大可能数(MPN)表示，检测方法需使用GB/T 4789.3-2003《食品卫生微生物学检验大肠菌群测定》；
2、以每g(mL)样品中大肠菌群的MPN值表示，检测方法需使用GB 4789.3-2016《食品安全***标准 食品微生物学检验 大肠菌群计数》。
3、现行食品标准中规定的大肠菌群指标以“CFU/克或CFU/毫升”为单位的，适用GB 4789.3-2016，故检测样品前需根据产品标准认真选择方法。
例如，GB/T2717-2003酱油卫生标准中对大肠菌群的要求需使用方法一GB/T 4789.3-2003。又如GB/T 2718-2014酱油卫生标准中对大肠菌群的要求需使用方法二GB4789.3-2016。
水中粪大肠菌群的常见检测方法
1、聚合酶链式技术
提取粪大肠菌群混悬液和待测水样的DNA，利用PCR技术扩增编码约260bp的LacZ***（β-半乳糖苷酶***）和约150BP的UdiA***（β-D-半乳糖苷酶***）的DNA，分别检测大肠菌群数和大肠***。
2、荧光原位杂交技术
由于粪大肠菌群特异的DNA序列，借助荧光标记的特异寡聚核苷酸片段作为的探针与待测水样中的DNA分子杂交，将杂交细胞经荧光检测体系在镜下对待测DNA进行定性、定量分析，确定菌群数。
酶底物法 （ enzyme substrate technique）的原理是 :利用大肠菌群***能产生β2半乳糖苷酶 （β2D2galactosidase）分解 ON 2PG （O rtho2 nitrophenyl2β2D2galactopyranoside ） 使培养液呈*** ,检测水样中是否含有大肠菌群。利用大肠埃希菌产生 β2葡萄 糖 醛 酸 酶 （ β2glucuronidase ） 分 解 MUG （ 42 methyl2umbelliferyl2β2D2glucuronide）使培养液在波长 366 nm紫外光下产生蓝色荧光 , 检测水样中是否含有大肠埃希菌。酶底物法有商品化***供应 ,实验操作简便 ,无需确认试验 ,可同时检测水样中大肠菌群和大肠埃希菌。如果改变培养温度 ,还可检测耐热大肠菌群。该方法检测周期短 , 18 ～24 h 即可报告结果。可见该方法较大的特点是节省了时间和人力。
