微生物菌肥是根据土壤微生态学原理、植物营养学原理、以及现代“有机农业”的基本概念而研制出来的。微生物肥料是以活性（可繁殖）微生物的生命活动导致作物得到所需养分（肥料）的一种新型肥料生物制品，是农业生产中肥料的一种（也称第三代肥料）。
使用注意事项
选择质量合格，过期不能用。 菌肥必须保存在低温（适温度4～10℃）、阴凉、通风、避光处，以免失效。有的jun种需要特定的温度范围，如哈茨木霉菌需要保存在2-8℃的恒温箱内，有效期为一年，而一些芽孢杆jun要根据生产质量高低，主要是看芽孢化水平，芽孢化高的能保存一年半甚至更久，芽孢化不好的达不到半年就失效，所以菜农应谨慎选择菌肥产品。
微生物jun种保藏的六种方法保藏方法
1．传代培养保藏法
又有斜面培养、穿刺培养、疱肉培养基培养等（后者作保藏厌氧***用），培养后于4—6℃冰箱内保存。
2．液体石蜡覆盖保藏法
是传代培养的变相方法，能够适当延长保藏时间，它是在斜面培养物和穿刺培养物上面覆盖灭菌的液体石蜡，一方面可防止因培养基水分蒸发而引起jun种四亡，另一方面可阻止氧气进入，以减弱代谢作用。
3．载体保藏法
是将微生物吸附在适当的载体，如土壤、沙子、硅胶、滤纸上，而后进行干燥的保藏法，例如沙土保藏法和滤纸保藏法应用相当广泛。
4．寄主保藏法
用于目前尚不能在人工培养基上生长的微生物，如病毒、立克次氏体、螺旋体等，它们必须在生活的动物、昆虫、鸡胚内感ran并传代，此法相当于一般微生物的传代培养保藏法。病毒等微生物亦可用其他方法如液氮保藏法与冷冻干燥保藏法进行保藏。
5．冷冻保藏法
可分低温冰箱（-20—-30℃，-50—-80℃）、干冰酒精快速东结（约-70℃）和液氮（-196℃）等保藏法。
6．冷冻干燥保藏法
先使微生物在极低温度（-70℃左右）下快速冷冻，然后在减压下利用升华现象除去水分（真空干燥）。
有些方法如滤纸保藏法、液氮保藏法和冷冻干燥保藏法等均需使用保护剂来制备细胞悬液，以防止因冷冻或水分不断升华对细胞的损害。保护性溶质可通过氢和离子键对水和细胞所产生的亲和力来稳定细胞成分的构型。保护剂有牛乳、糖类、甘油、二甲亚砜等。
使用微生物菌剂需要注意5个事项
注意1：
氮、磷、钾总含量超过7%时与菌混合，会***菌的活性。菌与化肥混合时，一定要注意肥料中的氮、磷、钾总养分不要超过7%，一旦超过会***菌的活性，如果氮、磷、钾总养分大于7%，建议随用随混。目前，有些厂家的复合微生物菌肥中的氮、磷、钾总养分达到10%以上，有的甚至达到25%以上，这对于一般的jun种来说，都会造成菌活性降低甚至造成部分亡。但如果厂家选用的是耐化肥的jun种，就可以保证菌肥肥效。
注意2：
不要将菌肥与杀菌剂、***和含硫的化肥(如***钾等)以及稻草灰混合用。因为这些药、肥，很容易杀生物菌。或者先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。还应防止与未腐熟的农家肥混肥。
注意3：
对于已多年施用化肥的田块，施用生物菌肥时不能大量减少化肥和有机肥的施用量，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代化肥不能一下子适应。因此，其取代量应做到第壹、第二、第三年分别取代30%、40%和60%，磷、钾肥只能补足，不能减少。
注意4：
在施用方法上，建议采用沟施、窝施的方式，一定要将菌肥盖在土壤里，避免阳光直射，紫外线会杀四***；如果是单一的微生物菌肥，建议将菌肥埋在作物根系附近，以增加肥效；此外，不建议冲施微生物菌肥，因为加水稀释后菌群会被冲散，影响施用后的效果。
注意5：
高温过高、过低、干旱条件下的农作物田块不建议施用微生物菌肥。