股权转让企业所得税税收监管的工作重点在股权转让性质判定、价值评估方法的应用等方面。由于目前对如何使税务机关及时或同步监管企业股权转让行为方面尚没有适合实际操作的办法和制度，多为事后发现处理，难免出现税收流失，因此制度和办法的及时建立健全是当务之急。其次，在股权转让反审查，尤其在价值评估方法的实际准确应用上，很多基层税务机关应用能力较弱，因此，提高税务机关监管此类业务的能力是关键所在。再次，在相关政策表达上，特别是存在争议的问题及未涵盖的领域，比如，复杂的股权转让案件如何进行审查与合理评估，需要及时明确，以方便执行。
《企业所得税法》规定股权转让需按照公允价值进行。无论是关联方间的股权转让还是第三方间的股权转让，都应当采用股权的公允价值来确定转让收益。然而，在实际操作中，仍有许多股权转让，特别是关联方间的股权转让，以低于公允价值的价格进行，从而减少甚至不产生转让收益，进而降低、逃避纳税。部分税务机关已意识到上述问题的存在，并在关联交易的税务稽查中对股权转让尤其是按成本或者以低于公允价值的价格进行的股权转让给予特别关注。
股权价值(Equity Value， E)
股权价值所反映的是一家企业对股东的价值，每家上市公司股份都有一个明确的市场价格，企业总的对外发行股份数量乘上现在每股的市价就得到了股权价值，也就是我们常说的"市值"，反映了企业对股东而言企业整体业务的价值。
绿专资本表示股权价值计量不仅关系股东利益，而且还影响会计信息的相关性，采用不同的方法计量股东权益，行业投资价值及未来收益数据分析报告，必然导致不同的结果，根据资产价值属性选择恰当的方法计量股东权益价值尤为关键。现行的公允价值计量模式下，由于所有者权益的属性与计量模式之间存在逻辑上的缺陷，建议采用单一现行市价计量模式计量，反映资产、负债、所有者权益的交换价值，客观、准确反映所有者权益的市场价值。
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