目前在市场上推广时，微生物菌剂按内含的微生物种类或功能特性分为：根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、解磷类微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合***菌剂、有机物料腐熟剂、促生菌剂、菌根菌剂、生物修复菌剂；剂型以液体为主，也有颗粒型。
根据不同地区不同作物，微生物菌剂大多以4种方式使用，作底肥每亩用量2kg，耕地时均匀撒施；作追肥，每亩用量1-2kg追施；作滴灌与冲施，取清液配合常规肥料浇灌，残渣作基肥用，改良土壤；作种肥，农用菌剂厂家，适量拌种，按常规育苗或播种方法使用。
加强微生物菌群系统作用。土壤中有着庞大的有益微生物菌群系统，这些微生物肩负着分解土壤养分、***病原菌、提高肥料利用率等使命。益生菌的繁殖需要依托有机养分，因此补充益生菌时可以与有机肥混用施加，或者直接用益生菌含量丰富的菌剂产品如根果良品系列产品。能够起到净土松土，农用菌剂，旺根壮树、杀虫、抑菌排读、提质增效的作用，还能改善深层土壤理化性状，提高土壤供肥能力和养分的有效利用，为菌群存繁提供全营养和优良环境。根际微生物环境的变化
根际是指受植物根系活动影响，在物理、化学和生物学性质上不同于土体的那部分微域土区。而与土壤差别明显的就是pH值、微生物活性变化等。
根际微生物是指在植物根系直接影响的土壤范围内生长繁殖的微生物。可以将有机物转变为无机物，农用菌剂使用方法，为植物提供养料；同时还能分泌***，生zhang刺激俗等，促进植物生长。
土壤中酸离子浓度增加，会影响根部微生态环境变化，造成微生物生存环境恶化，分解有机物和分泌物质的能力下降，使根部营养不良，影响植物的生长。
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