在开始服用益生菌的1-4周内，益生菌会和肠道内已经存在的***菌及中性菌展开竞争，包括竞争营养、竞争生存空间、竞争能在肠道壁上附着的位置。这也是***们在肠道里的惨烈阶段。***菌时会释放大量和其它代谢产物，***益生菌生长及对***造成不适，吃进去益生菌也会大量。 因此，吃的时间短的人会出现“无效”“有***”这样的情况。如果肠道菌群失去平衡，就会出现腹泻、***、胃口不佳、疲惫、低等病症。其实不是益生菌没效或者有***，而是它们打败***菌需要时间，而大量***菌可能造成腹泻、等不适，这反而是益生菌初步起效的表现。
由于坚持服用益生菌，这相当于在中不断补充援军，在4-8周这个阶段，益生菌会逐渐占领上风，这时肠道内的***菌数量已经远远低于益生菌，***菌释放和其它代谢产物的量也被大大减低，同时外来的益生菌也会帮助体内原有的有益菌生长起来，和体内原有的有益菌进行协同作用，维护肠道健康。因此，有的益生菌产品虽然菌数高，但由于缺乏保护，能成功到达肠道繁殖的活菌数量其实很少。所以这个时候***会开始感受到病症的改善。
许多人每天喝酸奶和乳酸饮料，可是还总是放屁臭，肠道内缺乏益生菌。这是为什么呢？因为益生菌的生存条件非常严苛，离开培养环境2—4小时活菌数目和活性将大大降低。而酸奶从制作好送到消费者手中，要经过生产、物流、销售这一段漫长的时间，期间的温度变化，也会大大***益生菌的活性。当益生菌和有益菌在体内占有足够优势后，各种益生菌带来的正面效果才会逐渐体现出来。所以，酸奶中益生菌的活菌数量少，活性也差。另一方面，酸奶中的益生菌没有抵抗胃酸、胆汁及消化酶的能力，要顺利活着到达目的地——大肠，非常不容易。后，市场中的酸奶和乳酸饮料中加入了大量的糖和甜味剂，甚至增稠剂、色素、香精等成分，这些成分也不利健康。