首先，生物有机肥施入土层不易过深。因为生物有机肥是依靠其活性来分解有机质的，天然生物有机菌肥加工，其活性必须在一定的温度、湿度、透气性、有机物质的条件下才能实现。而施入太深会影响生物肥活性。因此，生物有机肥以施在地表下10 到15厘米处为宜。
生物有机肥施用时也不宜与单一化肥混施。 单一化肥因其成分单一，阳泉生物有机菌肥加工，且酸碱程度不同，如果大量施用，势必影响生物有机肥的生物活性。因此，底施生物有机菌肥加工，生物有机肥好单独施用。
生理活性物质的作用
生物有机肥富含多种生理活性物质，阿维菌素型生物有机菌肥加工， 具有刺激作物根系生长、提高作物光合作用的能力，使作物根系发达，生长健壮；比如各种有机酸和酶类，可以分解转化各种复杂的有机物和快速活化土壤养分， 使有效养分增加，供作物吸收利用；比如其中的抗生类物质，能提高作物的抗病能力。
有机无机养分的作用
生物有机肥中既含有氨基酸、蛋白质、糖、脂肪等有机成分，还含有N、P、K 以及对作物生长有益的中量元素（Ca、Mg、S 等）和微量元素（Fe、Mn、Cu、Zn、Mo 等）。这些养分不仅可以供作物直接吸收利用， 还能有效改善土壤的保肥性、保水性、缓冲性和通气状况等，为作物提供良好的生长环境。
生产工艺
生物有机肥的生产主要包括发酵菌促进物料腐熟过程、添加功能菌二次发酵过程和成品加工过程。通过发酵使物料完全腐熟是整个生产的关键环节，在发酵腐熟阶段，多数企业采用槽式堆置发酵法。水分、C/N 比、温度、pH、通风情况等过程参数直接影响物料腐熟的程度和发酵周期。待物料完全腐熟后，添加固氮菌、溶磷菌、解钾菌等复合功能菌群进行二次发酵， 通过控制发酵条件提高产品中的有益活菌数， 从而达到增强生物有机肥肥效的目的。发酵结束后，为了提高产品的商品性和保证产品中有益微生物的存活率， 成品加工多以圆盘造粒后低温烘干工艺为佳。
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