生物菌肥不能与杀菌剂直接混用。喷施杀菌剂要间隔5-7天再施用生物菌肥，以免杀菌剂营***物菌肥的活性。生物菌肥配合发酵好的农家肥和复合肥效果更好。生物菌肥施用后可减少复合肥施用量，但生物菌肥不能取代复合肥，还需适量补充复合肥。农家肥有机质丰富，腐熟好与菌肥一起施用，可促进有机质分解，促进作物更好的吸收的养分。
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微生物菌肥的优势：有效预防农作物生长过程中的多种***病害。
在发酵过程中能产生多种抑菌物质，微生物菌剂，如乳酸、四羟基乳酸、3-乳酸、乳酸菌素等，这些物质可以有效***农作物病原菌；可以诱导作物抗性的提高，微生物菌剂价格，诱导作物植保酶：PAL（丙氨酸解氨酶）、POD（过氧化物酶）、PPO（多酚氧化酶）。这些酶的可以促进植物一些重要次生物质的合成，农用微生物菌剂，如木质素、异黄酮植保素、对病原菌***的醌类物质。从而显著能增强植物的抗病能力。
土壤中的有益微生物可以直接参与土壤中物质和能量的转化、腐殖质的形成和分解、养分的释放。微生物菌肥中含有大量的有益微生物，施入土壤后，它们可以在土壤中迅速繁殖扩散，增加了土壤中有益微生物的数量，增强土壤中微生物的活性，微生物菌剂的作用，可以改善土壤的团粒结构，增强土壤的通透性、亲水性和保水保肥的能力。具有解磷、解钾、固氮等特性，从而提高土壤的肥力。
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