手工清洗适用于精密、复杂器械的清洗和有机物污染较重器械的初步处理。目前使用的***如、邻二甲醛、等挥发气体比重均大于空气，可聚集在室内较低的空间里，如果没有新风进入，自循环换气次数再多，也只是室内污浊空气的循环，达不到降低室内污染物浓度、保护医护人员的目的。通过观察多种清洗方法的洗涤效果，发现对表面光滑的器械采用人工清洗，既能保证清洗质量，又能节约洗涤成本和提高工作效率。对结构复杂的器械能拆开的部件必须拆开，仔细刷洗管道、缝隙、齿槽及关节等处，应选择不同类型和大小的软毛刷先手工初步刷洗，去除大的污物，再用清洗机清洗，以确保清洗效果。
***器械生锈是长期以来困扰***供应室的普遍性问题，***器械绝大部分由金属材料做成，以钢铁材料居多，且多为不锈钢，为保持其高硬度及锋利度，多采用仅含13％Cr的不锈钢作为材料，但却相对容易生锈。
金属器械对灭菌因子的适应性比较广，它们耐高温、耐高压、耐辐射，但多数不耐腐蚀。器械生锈不仅会给***造成经济损失，而且粘有锈迹的器械表面容易形成生物膜。造成灭菌失败，引起医源性，延长患者的住院时间，增加患者的痛苦，造成资源的浪费。因此。清洗槽清洗机应分开不同系统（如呼吸、消化系统）软式内镜的清洗槽、内镜自动清洗消毒机应分开设置和使用。在整个清洗、消毒及灭菌过程中要注意器械的物理性能，采用科学的清洗消毒流程，减少器械损耗。
机械清洗消毒
经手工预处理后采用全自动清洗消毒器，对内镜进行集中、1统一清洗消毒，运行预先设定好的清洗消毒程序，一次性完成内镜的清洗、漂洗、消毒、干燥。清洗前，将硬式内镜装载于专用清洗架上，确保器械表面和官腔内部得到彻底清洗，其他器械应放置于清洗篮筐中清洗。预防内镜破损是延长内镜使用寿命的重要因素之一，而早期发现内镜破损的有效办法就是每次清洗前进行测漏。
根据硬式内镜灭菌方法选择相应的包装。适用于压力蒸汽灭菌的，注意按照说明书选择温度与压力；对于不耐热的部件可采用低温等离子灭菌，其处理效率快，与大部分器械兼容
内镜清洗之前要进行测漏。虽然由于周转率的因素很多***都做不到每次测漏，然而还是推荐尽可能提高测漏频率。漏水对内镜造成的损害严重而不可逆。
6．软式内镜要单独清洗。若与尖锐器械或物品一同清洗，或者清洗槽有锐利的棱角都有可能将内镜划破，导致漏水。
7．内镜打弯的角度要合适。在手持或者清洗的时候打弯角度不要太小，否则易造成内镜内部折叠变形；在附件插入时又不宜打弯角度过小，蛮力塞入容易导致内部管道损伤。
8．推荐使用具有生物膜去除能力的清洗剂。研究表明软式内镜的管道结构复杂且不容易做到彻底干燥，是生物膜滋生的场所。使用针对生物膜的清洗剂能够有效降低生物膜的挑战。