在工控主板机构的散热设计上，使用的特殊散热设计，甚至还采用全铝制的机构外壳，而且对CPU、南北桥和硬盘等发热大户，进行特殊处理，保证工控主板和整机的正常运行。
相对而言，商用主板是无法在这些环境中胜任工作的，只能运行在安定的环境下之下。商用主板基本只能在5℃~38℃之间的环境温度中使用，对机构的散热要求低，讲究外观够炫够酷。
很多工控机由于在恶劣的应用环境下(例如潮湿、振动、多尘、辐射、高温等等应用环境)使用，空气中的尘埃和盐分，都会对主板造成腐蚀，影响主板的正常使用。
工业主板的维护分为四个步骤：
一、工业主板除尘完毕后顺便给cpu风扇除尘并加点油。可以用缝纫机油。
二、电源简单去尘维护：用吸尘器对着机箱后部的电源风扇处吸尘，同时用很小的毛刷伸进去刷一下。
三、给工业主板除尘。比较而言，性能测试较容易一些，用CPU、内存条、硬盘、电源等简单设备搭起测试台就可以测试了，关键是针对各项性能逐项进行认真测试。使用吸尘器和小毛刷，一边吸同时用小毛刷来刷。对于插槽等处不易清理的灰尘好用“皮老虎”，对准从各个方向反复用力吹，尽量将内部的灰尘吹去。如果没有“皮老虎”，用给自行车打气的气筒其吹效果也很好，但是单人操作起来不如“皮老虎”方便。
四、除尘时注意安全：拆机前要拔下电源插头。打开机箱前先用双手握一下自来水管(不要告诉我你家的自来水管是塑料的)，同时用自来水洗手，这样可以释放手上的静电。避免吸尘器嘴及小毛刷碰动主板上的跳线，或碰伤主板上的元件。
工控主板由于使用场合特殊，因此设计接口会根据使用场合做定制或堆砌大量标准接口以适应各种接口。主板上大都有6-8个扩展插槽，供PC机外围设备的控制卡(适配器)插接。工控主板一般为矩形电路板，上面安装了组成计算机的主要电路系统，一般有BIOS芯片、I/O控制芯片、键盘和面板控制开关接口、指示灯插接件、扩充插槽、主板及插卡的直流电源供电接插件等元件。目前的仪器或者工控系统多数使用集成式工控机箱，机箱背板一般通过CPCI(Compact PCI)接口连接所有的插卡，包括工控电脑和各种采集卡、控制卡等。
工业主板采用的是高质量贴片式的固态电容、钽电容、陶瓷电容。然后在着重检查工控电脑主板的各类连接线路是否保持连接以及主板的料件是否有烧灼的情况，之后找到工控电脑主板的开关确定是否可以启动。商用主板基本都是大量采用针脚式的电解电容，因为电解电容成本低、容值大一个可以顶多个贴片或坦电容。从性质来说， 电解电容稳定性不及钽电容、陶瓷电容高，寿命不及它们长，耐高温程度不及它们好。贴片式电容比针脚式电容更加稳定。从价格上，钽电容比普通的电解电容要贵，且由于钽电容的电容量较小，使用在主板上时，需要使用更多数量的电容，单单钽电容的成本就是电解电容的几十倍，这也是导致工业主板比商用主板成本价格高的原因之一。
