巴氏灭菌还用于果酱、糖水水果罐头、啤酒、酸渍蔬菜类罐头、酱菜等的灭菌。巴氏灭菌对于密封的酸性食品具有可靠的耐酸性，对于那些不耐高湿处理的低酸性食品，只要不影响消费习惯，常利用加酸或借助于微生物发酵产酸的手段，使pH 值降至酸性食品的范围，可以利用低温灭菌达到保存食品品质和耐贮藏的目的。此法所需时间较长，对热敏性食品不宜采用。(2)高温短时灭菌(HTST)：灭菌条件为85 摄氏度～90 摄氏度/3 分钟～5 分钟，或95 摄氏度/12 分液料加热到接近100 摄氏度，巴氏杀菌，然后速冷至室温。此方法需时较短，效果较好，有利于产品保质。主要可杀灭酵母菌、霉菌、乳酸菌等。这两种方法具有灭菌效果稳定，操作简单，智能多用途杀菌，设备***小，应用历史悠久等特点，如今还广泛用于各类罐藏食品、饮料、酒类、***、乳品包装的灭菌。
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有些需要灭菌的材料不能受热，例如许多***溶液。因此，许多液体可以用过滤法来灭菌。过滤法不是将微生物，而是把它们排除出去。过滤采用两类器具，一类叫深层滤器，例如用烧结玻璃、不上釉的陶瓷颗粒或石棉压成的滤板等：另一类是滤膜。深层滤器已经使用了100年以上，有逐渐被滤膜取代的趋势，但因为大量沉淀物容易堵塞滤膜，所以一般先用深层滤器除去大的颗粒。
灭菌条件为61 摄氏度～63 摄氏度/30 分钟，或72 摄氏度～75摄氏度/15 分钟～20 分钟。巴氏灭菌技术是将食品充填并密封于包装容器后，在一定时间内保持100 摄氏度以下的温度，杀灭包装容器内的***。巴氏灭菌可以杀灭多数致病菌，而对于非致病的菌及其芽孢的杀灭能力就显得不足，四川杀菌，如果巴氏灭菌与其他储藏手段相结合，瞬时杀菌，如冷藏、冷冻、脱氧、包装配合，可达到一定的保存期的要求。巴氏灭菌技术主要用语柑橘、苹果汁饮料食品的灭菌，因为果汁食品的pH 值在4.5 以下，没有微生物生长，灭菌的对象是酵母、霉菌和乳酸等。
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