促进作物对土壤养分利用的菌肥：包括菌根菌等。
抗病及刺激作物生长的菌肥：包括抗生菌、增产菌等。
近年来，各类有关菌肥的研究多集中在固氮菌类、微生物拌种剂和复合菌类等方面，下面来简要介绍一下。
固氮菌类：指能在土壤或作物根际生活，并固定空气中氮气的微生物为jun种，用液体深层发酵而制成的huo体制品，施入土壤后能提高作物吸收氮肥的能力。
微生物拌种剂：此类菌肥以草炭作为吸附剂，表面吸附菌肥，在播种或定植前浸泡种子或根部有较好的效果，微生物有机肥厂，其原因是菌肥内的微生物提高植物根部吸收营养元素的能力，可使作物增产，并减少部分土传病害的发生。
复合生物菌肥：除了含有活性微生物外，还含有多种营养物质。有的是有机营养物质和微生物复混配的；有的则是有机物营养物质、无机营养物质和微生物混配的，可提高作物的产量、品质、抗病性，改良土壤理化性质，维持环境平衡。
生物菌肥主要作用
1、提高土壤肥力：有些菌剂可以增加土壤中氮磷钾营养元素的含量；还可以提高一些土壤酶类活性，有利于土壤中养分的转化方便植物的吸收利用。另外，在菌肥的帮助下会产生大量的二氧化碳，可提高土壤保水、保肥能力。
2、促进难溶的矿质营养释放：生物菌肥使土壤酶活性提高，使不溶性土壤养分溶解利于植物吸收。同时，还分泌一些有机酸性物质，能分解有机质，产生的糖有利于固氮***的生长。
3、帮助农作物吸收养分：如根瘤菌可刺激豆科植物的根部形成根瘤，底施微生物有机肥厂，使土壤中的氮转化为作物能吸收的氮肥。
4、增强植物抗病(虫)能力：生物菌肥中的微生物在土壤中能分泌抗生、***及植物生长素。抗生及***能杀灭植物病害及害虫的虫卵，植物生长素促进叶绿素含量升高，提高植物光合作用的能力。此外，还可促进植物产生大量的POD、SOD、CAT等酶类，以维持细胞膜的稳定性，提高植物防御能力。
中国农业废弃物基本状况
农业废弃物是指在整个农业生产过程中被丢弃的有机类物质，主要包括农作物秸秆和畜禽粪便等。中国是农业大国，农业废弃物数量巨大。这些废弃物既是宝贵的资源，又是严重的污染源，若不经妥善处理进入环境，将会造成环境污染和生态恶化。
中国是秸秆资源为丰富的***之一， 根据***的估计，每年可产生9 亿多t 的秸秆。然而，秸秆的资源化利用率并不高，每年约有20％的秸秆腐烂或焚烧，不仅造成了资源的浪费，而且给环境造成了极大的危害。
首先，阿维菌素型微生物有机肥厂，生物有机肥施入土层不易过深。因为生物有机肥是依靠其活性来分解有机质的，其活性必须在一定的温度、湿度、透气性、有机物质的条件下才能实现。而施入太深会影响生物肥活性。因此，生物有机肥以施在地表下10 到15厘米处为宜。
生物有机肥施用时也不宜与单一化肥混施。 单一化肥因其成分单一，天然微生物有机肥厂，且酸碱程度不同，如果大量施用，势必影响生物有机肥的生物活性。因此，生物有机肥好单独施用。
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