一是由于工程成本的制约，一些中、小洁净工程设计和施工单位不按***标准施工，造成设计的洁净室不符合洁净厂房设计规范，无法满足企业生产的需要。二是将洁净室性能检测和测评工作混为一谈，有些企业认为完成竣工检测就可以投入生产，而忽视了洁净室的综合测评工作，这两者实施主体不同、检测内容不同，不可省略任何一个环节。三是洁净室本身的问题，洁净室打扫不彻底、不规范、洁净室通风设备不合理、洁净室布局不科学等。
现如今，洁净技术已广泛应用于各行各业的工业产品生产或其他要求防止粒子污染、微生物污染的环境控制，由于各行业的产品特性不同、各个产品的生产工艺流程不相同，使用要求不一样，因此要求控制环境的内容、指标均不会相同。严防一切灭菌器材和培养基污染，已污染者应停止使用。 洁净车间无菌室应定期用适宜的消毒液灭菌清洁，以保证无菌室的洁净度符合要求。 需要带入洁净车间无菌室使用的仪器、器械、平皿等一切物品，均应包扎严密，并应经过适宜的方法灭菌。
层流式： 层流式空气气流运动成一均匀之直线型，空气由覆盖率100%之过滤器进入室内，并由高架地板或两侧隔墙板回风。此型式适用于洁净室等级需定较高的环境使用，一般其洁净室等级为Class1~100。其型式可分为二种：水平层流式：水平式空气自过滤器单方向吹出，由对边墙壁之回风系统回风，i尘埃随风向排出室外，一般在下流侧污染较严重。实践证明，北方地区或在干燥的冬季，因静电产生故障的事例要远远大于在东南沿海地区或其他季节。所以水电安装建议在一些重要场所，如计算机机房、实验室、电子仪器的装调车间应考虑保持一定湿度的问题，对于操作人员应在手腕上带防静电手带，这种手带应有良好的接地性能，这是防止静电产生的为有效的措施。
车间排水的地漏要有防固形物进入的措施，畜禽加工厂的浸烫打毛间应采用明沟，以便于清除羽毛和污水。排水沟的出口要有防鼠网罩，净化车间的地漏或排水沟的出口应使用U 型或P型，S 型等有存水弯的水封，以便防虫防臭。
通风与采光，净化车间应该拥有良好的通风条件，如果是采用自然通风，通风的面积与净化车间地面面积之比应不小于1:16。若采用机械通风，则换气量应不小于 3 次/小时，采用机械通风，净化车间的气流方向应该是从清洁区向非清洁区流动。
