微生物肥料是 肥料，它的作用主要靠它含有的大量有益微生物的生命活动代谢来完成。只有当这些有益微生物处于旺盛的繁殖和新陈代谢的情况下，物质转化和有益代谢产物才能不断形成。因此，微生物肥料中有益微生物的种类、生命活动是否旺盛是其有效性的基础，而不像其它肥料是以氮、磷、钾等主要元素的形式和多少为基础。正因为微生物肥料是活制剂，所以其肥效与活菌数量、强度及周围环境条件密切相关，包括温度、水分、酸碱度、营养条件及原生活在土壤中土著微生物排斥作用都有一定影响，因此在应用时要加以注意。
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微生物菌肥的优势：有效预防农作物生长过程中的多种***病害。
在发酵过程中能产生多种抑菌物质，如乳酸、四羟基乳酸、3-乳酸、乳酸菌素等，这些物质可以有效***农作物病原菌；可以诱导作物抗性的提高，诱导作物植保酶：PAL（丙氨酸解氨酶）、POD（过氧化物酶）、PPO（多酚氧化酶）。这些酶的可以促进植物一些重要次生物质的合成，如木质素、异黄酮植保素、对病原菌***的醌类物质。从而显著能增强植物的抗病能力。
微生物肥的作用原理作物的生长需要营养，氮、磷、钾是作物生长的三大营养元素，复合微生物菌剂，其中氮是作物生长的关键营养元素。然而，微生物菌剂的作用，空气中含有80％氮气，却因为作物不能吸收而无法利用。化肥中含有这些元素，能够给作物提供营养，微生物菌剂价格，化肥的施用能使作物大量增产。但是长期施用化肥带来很大的***，近50年来，世界化肥用量增加了60倍，过量施用化肥不仅***了土壤结构，微生物菌剂，降低了作物品质，污染了环境，还使土壤和农作物中积累 使血液丧失输氧功能、导致病症。
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