饲料在发酵的过程中，微生物区系平衡被打破后，益生菌在特定情况下有可能会转变为病原菌，如乳酸杆引起的临床生病。因此发酵饲料的使用应充分考虑动物、消费者以及环境等因素安全方面的问题，经过严格的科学试验确认其无害后才能推广应用。微生物发酵饲料中的大部分有益菌是活菌，而抗生具有杀菌作用，因此二者也不能同时使用。
微生物发酵饲料的定义在人为可控制的条件下，以植物性农副产品为主要原料，通过微生物代谢作用，降解部分多糖、蛋白质和脂肪等大分子物质，发酵饲料，生成有机酸、可溶性多肽等小分子物质，形成营养丰富、适口性好、活菌含量高的生物饲料或饲料原料。微生物发酵饲料的主要特征饲料具有天然发酵香味，良好诱食效果，发酵饲料图片，能显著提高适口性。含有大量有益菌，***菌数量极低，不超过10cfu/g。发酵成品pH值较低，在4.5左右，含有较多乳酸和等有机酸。
生产中常用的益生菌分为三类：一类是乳酸菌。它是指以乳酸为主要产物的革兰氏阳性菌。按其代谢模式可分为双歧、同型发酵乳酸菌、兼性异型发酵乳酸菌以及专性异型发酵乳酸菌。应用类型有乳酸双歧、干酪乳、发酵乳、植物乳、罗伊氏乳。第二类是芽孢。芽孢是革兰氏阳性菌，发酵饲料厂家，能形成孢子，是传统发酵豆制品的重要菌株，能分泌多种水解酶，发酵饲料批发，包括多糖酶、蛋白酶及核酸酶，能有效利用非淀粉多糖和寡糖，有效降解大豆等饲料原料中的抗营养因子。生产中应用的主要为枯草芽孢和地衣芽孢。第三类为酵母菌。酵母菌属兼性好氧菌，在好氧条件下进行好氧呼吸能将有机物完全氧化成二氧化碳、水，而在缺氧条件下将糖发酵成乙醇。酵母菌可产生氧化还原酶、脂肪酶蛋白酶、内源糖苷酶、木聚糖酶、内源葡聚糖酶、脱氢酶、脱羧酶、磷酸酶等。
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