内镜清洗的方式是先手工清洗再机械清洗。手工清洗后，应当按照内镜生产商提供的使用说明书，软式内镜应该机械清洗并暴露于高水平***或液体化学灭菌剂中进行机械处理，或机械清洗和灭菌。机械处理包括机械清洗、机械高水平消毒或灭菌和机械漂洗。大量证据表明，机械处理可提高清洗效率，提高工作效率，减少人员清洗职业暴露，并且可以更成功地监控质量和一致性，但目前手工清洗仍是必需的。手工清洗适用于精密、复杂器械的清洗和有机物污染较重器械的初步处理。
***器械生锈是长期以来困扰***供应室的普遍性问题，***器械绝大部分由金属材料做成，以钢铁材料居多，且多为不锈钢，为保持其高硬度及锋利度，多采用仅含13％Cr的不锈钢作为材料，但却相对容易生锈。
金属器械对灭菌因子的适应性比较广，它们耐高温、耐高压、耐辐射，但多数不耐腐蚀。器械生锈不仅会给***造成经济损失，而且粘有锈迹的器械表面容易形成生物膜。造成灭菌失败，引起医源性，延长患者的住院时间，增加患者的痛苦，造成资源的浪费。因此。在整个清洗、消毒及灭菌过程中要注意器械的物理性能，采用科学的清洗消毒流程，减少器械损耗。拆卸的部件与螺丝拆开分别清洗，带腔隙的钳类器械如髓核钳、椎板咬骨钳用流动水冲洗的同时作加闭与松开交替动作。
软式内镜清洗消毒的注意事项可归纳如下：
1、床旁处理时。棉纱擦拭应沿着操作部分向先端部分方向进行，否则有可能将纱布的线头等塞进喷嘴里面，造成喷嘴堵塞。
2、内镜在操作间与清洗消毒间运转时。宜使用专门的内镜推车。手持内镜转运车长容易导致磕碰，甚至发生内镜先端部拖到地上被踏踩的情形。
3、及时清洗。内镜诊疗的时候，送水送气扣里面容易残留小块******或血液、黏液，一旦干结并累积则容易造成送水送气管道的堵塞。
4、单独清洗。内镜若与尖锐器械或物品一同清洗，或者清洗槽有锐利的棱角都有可能将内镜划破，导致漏水。
打弯的角度要合适。在手持或者清洗的时候打弯角度不要太小，否则易造成内镜内部折叠变形；在附件插入时也不宜打弯角度过小，蛮力塞入容易导致内部管道损伤。
6、推荐使用具有生物膜去除能力的清洗剂。研究表明软式内镜的管道结构复杂且不容易做到彻底干燥，是生物膜滋生的场所。使用针对生物膜的清洗剂能够有效降低生物膜的挑战。
7、清洗刷要一用一换。防止将清洗上一条内镜时裹挟的污物带到下一次内镜清洗中造成。
8、清洗、漂洗流程。清洗、漂洗过程中使用的内镜擦拭布应一用一更换，清洗液（多酶洗液）也应每清洗一条内镜后及时更换。
9、可复用的内镜附件处理方法。可复用的内镜附件使用***消毒后，应采用纯化水或无菌水漂洗干净，干燥备用，而不是自来水。
10、使用说明。不同种类的内镜，或者相同种类但由不同厂商生产的内镜，其使用消毒或者灭菌方式可能不同。应购买后、使用前仔细阅读厂商说明书。