大肠菌群并非细菌学分类命名，而是卫生细菌领域的用语，它不代表某一个或某一属细菌，而指的是具有某些特性的一组与粪便污染有关的细菌，这些细菌在生化及xue清学方面并非完全一致，其定义为：需氧及兼性厌氧、在37℃能分解乳糖产酸产气的革兰氏阴性无芽胞杆菌。一般认为该菌群细菌可包括大肠埃希氏菌、柠檬酸杆菌、产气克雷白氏菌和阴沟肠杆菌等。
水中粪大肠菌群的常见检测方法
1、聚合酶链式技术
提取粪大肠菌群混悬液和待测水样的DNA，利用PCR技术扩增编码约260bp的LacZ基因（β-半乳糖苷酶基因）和约150BP的UdiA基因（β-D-半乳糖苷酶基因）的DNA，分别检测大肠菌群数和大肠杆菌。
2、荧光原位杂交技术
由于粪大肠菌群特异的DNA序列，借助荧光标记的特异寡聚核苷酸片段作为的探针与待测水样中的DNA分子杂交，将杂交细胞经荧光检测体系在镜下对待测DNA进行定性、定量分析，确定菌群数。
总大肠菌群细菌主要由以下4个菌属细菌组成：埃希氏菌属、柠檬酸菌属、克雷伯菌属和肠杆菌属。这些菌属可以在人、畜粪便中检出，有的也可以在营养丰富的水体中检出，即非粪便污染的情况下，也有检出这些细菌的可能性。粪大肠菌群组成与总大肠菌群组成相同，但主要组成是埃希菌属，在此菌属中与人类生活密切相关的仅有一个种，即大肠埃希氏菌；柠檬酸菌属、克雷伯菌属和肠杆菌属所占数量较少。
作为粪便污染的指示菌，大肠埃希氏菌检出的意义大，其次是粪大肠菌群，总大肠菌群的检出意义略差一些， 固定底物技术酶底物法操作简便，检测时间短，可在24小时内同时检测水中大肠菌群和大肠埃希氏菌的污染状况且无需确认试验；减少了传统方法中人为操作的误差，能够更准确地判断水样的微生物污染状况；作为国家饮用水卫生标准的新方法，不但可以用于水样的例行检测，更可作为应急突发事件的必备试剂。
