为保证生产水质不被其它给水系统污染，洁净厂房内的给水系统按照生产、生活、消防等用途不同，应分别设置。洁净厂房在连续排水温度介于40～80℃时，建议采用既具有较高耐温性能，又有较好水力性能及化学稳定性的璃纤增强聚烯排水管。考虑到洁净厂房中的生产工艺技术发展迅速,产品升级换代快,生产工艺变化多等特点,在管道设计中应留有充分的余量。
对于跨度较大的洁净厂房，其生产排水横管往往较长，超过了规范允许的极大长度，为了清通方便，往往在排水横管上，每隔一定距离设一清扫口。洁净厂房内的生产用水系统可按生产线的数量，分别布置，建议每条生产线给水系统的起端均设置检修阀门及计量水表，以便检修和成本核算。洁净厂房的生产给水管传统的管材，一般采用镀锌钢管，考虑到洁净环境下，所选管材应有较好的化学稳定性，以保证水质在输送过程中下降小。
手是交叉污染的媒介，洁净厂房的工作人员在接触工作服之前应洗手，洗手的龙头不应直接用手开启，可采用感应式或肘式洗手龙头。洁净厂房内的生产工艺对环境有较高的要求，需要对其生产车间的空气悬浮粒子浓度进行控制，同时，还需保证一定的温度、湿度和压力。给排水管道穿过洁净室墙壁、楼板和顶棚时，应设套管，套管内管段不得有接头，管道和套管之间必须用不起尘的密封材料封闭。
