防水层的处理。防水处理的成败直接影响屋顶花园的使用效果及建筑物的安全，如果防水材料的防水性能、防腐性能不稳定，那么屋顶花园下面的住宅是无法入住的：屋顶防水层上面有土壤和植物覆盖，如果发生渗漏很难。花木生存离不开水和肥料，如果屋顶长期保持湿润状况，再加上肥料中所含酸、碱、盐物质的腐蚀，都会对防水层造成持续的***；另外，花草树木的根须无孔不入，如果防水层搭接部位或材料本身有孔隙，根须即会***并扩展、使防水层失效。种植屋面施工有时会出现耐根穿刺层和防水层不相容的现象，可在此中间采用聚乙烯膜、纤维布、无纺布或抹一道水泥砂浆加一道隔离层均一些房地产开发商合作，采用聚酯卷材和抗根卷材建造了几个屋顶花园，取得了成功的经验。水层中的排水系统。屋顶防水和排水是一个事物的两个方面，防水层中排水系统的设计和安装非常重要，它将直接影响到防水问题。排水层的作用是排去多余雨水和灌溉水份，可采用陶粒、碎石、泡沫块、蛭石、塑料粒等材料，排水层厚度一般5～20cm；为充分利用雨水、减少灌溉，可将排水层下部设计为蓄水层来储存水份，排水层厚度不能底于10cm，设计蓄水高度占排水层厚度的1/2～3/4；并设置溢水孔、天沟外出水口、排水管道等完整的排水系统，满足日常排水及暴雨时泄洪的需要。过滤层的作用是防止种植基质随雨水或灌溉流失而堵塞排水管道，可用玻璃纤维、尼龙布、金属丝网、无纺布等。为减轻水分和土壤对屋顶的渗漏和腐蚀，屋顶花园可采用喷灌、滴灌等方法，为防止土壤水分蒸发过快，介质中还将加入高分子保水剂。
