洁净厂房在连续排水温度低于40℃时，选用聚氯乙(UPVC)排水管，该管材具有化学稳定性强，水力性能好的优点。排水管材的选择，应针对排水的水质特点选用。洁净厂房内管道的敷设方式直接影响洁净室的空气洁净度，因此管道应尽量在洁净室外。为了进一步防止室内洁净空气通过排水管向外渗漏，同时也为防虫防鼠，洁净区排水出户管末端在接到室外检查井之前，往往还增设水封井。
手是交叉污染的媒介，洁净厂房的工作人员在接触工作服之前应洗手，洗手的龙头不应直接用手开启，可采用感应式或肘式洗手龙头。洁净厂房内的生产工艺对环境有较高的要求，需要对其生产车间的空气悬浮粒子浓度进行控制，同时，还需保证一定的温度、湿度和压力。给排水管道穿过洁净室墙壁、楼板和顶棚时，应设套管，套管内管段不得有接头，管道和套管之间必须用不起尘的密封材料封闭。
洁净区内设置厕所不仅容易使洁净室受到污染,还会影响洁净区的压力控制,所以有空气洁净度要求的生产区内不宜设厕所。对于跨度较大的洁净厂房，其生产排水横管往往较长，超过了规范允许的极大长度，为了清通方便，往往在排水横管上，每隔一定距离设一清扫口。考虑到洁净厂房中的生产工艺技术发展迅速,产品升级换代快,生产工艺变化多等特点,在管道设计中应留有充分的余量。
