消毒柜并非是能消灭“千毒万毒”的“神柜”，并不是所有的东西放进去都能够消毒，包括部分餐具在内的东西，都是不适合用消毒柜消毒的。不同类型的餐具应该分别消毒，即将不耐高温的餐具放进低温消毒室消毒，耐高温的可放入高温消毒室。 一般来说，塑料等不耐高温的餐具不能放在下层高温消毒柜内，而应放在上层臭氧消毒的低温消毒柜内消毒，以免损坏餐具。
若太脏，可先用中性洗涤剂擦抹，再用湿布擦掉洗涤剂，后用干布擦干水分。清洁时，禁止撞击石英加热管和臭氧发生器。经常检查门封条是否密封良好，以免热量散失或臭氧逸出，影响消毒效果。使用时，如发现石英不发热或听不到臭氧发生器高压放电“吱吱”声，说明消毒柜出了故障，应停止使用，立即送维修部门修理。要做到“聚餐用公筷，用餐要消毒”才能保持一定的餐具卫生环境。
二星级消毒柜要求消毒柜内温度达
120 ℃以上，除可一星消毒柜能的***外，还可杀灭乙毒和脊髓灰质炎病毒等病毒，和杀灭率达 99.9
%。但对无机化学毒物及少数特殊的生物病毒则不起作用了。采用加热消毒的消毒柜是通过红外发热管通电加热，柜内温度上升至120至170摄氏度，才能达到消毒之目的。而里面的红外线加热器管的电极却是很容易因为潮湿而氧化。消费者在使用消毒柜时切忌将其作为***柜看待。因为消毒柜处于密封状态，如存放在柜内的碗筷消毒未干透，消毒柜反而成了***滋生的温床。
彩绘器皿尽量不要放入高温消毒柜中消毒，因为其中含有化学物质，在常温下它们呈稳定状态，而在高温下可能会释放***物质，危害***健康一般有红外线消毒和臭氧消毒两种方式。在市场上可以见到挂式、立式、台式，还有单门的和双门的，以及不同容积的各种规格。紫外线消毒柜的灭菌原理是经过紫外线对***、病毒等微生物的照射，以损坏其机体内DNA的结构，***或损失繁衍才能。 DNA 对波长 253.7nm 的紫外线吸收强。紫外线的灭菌作用与其照射强度和总的照射量有关，一般可达杀灭率≥ 99 %。