微生物菌肥中的微生物功能多样性决定了其在土壤和农业中的不可替代作用。
1.在土壤中物质、能量的输入输出中扮演着非常重要的角色，能够活化土壤有机与无机养分，分解有机物，释放养分，增加养分的有效性；
2.有效打破土壤板结，促进团粒结构的形成，并能改善土壤的通气状况，促进有机质、腐殖酸和腐殖质的生成；
3.微生物在其繁殖和代谢过程中，可以降解土壤中残留的化肥、有机药、***和其他污染物等，降低土壤污染的程度。
微生物菌肥对土壤各种问题的解决具有显著***。微生物菌肥的使用大大减少了化肥的用量及减少污染，而且通过微生物之间或与植物之间的互相作用，植物的抗病与抗逆能力大大增强，这对于提高农作物品质及产量有着重要意义。
微生物肥料在环保中的作用
利用微生物的特定功能分解发酵城市生活垃圾及农牧业废弃物而制成微生物肥料是一条经济可行的有效途径。目前已应用的主要是两种方法，一是将大量的城市生活垃圾作为原料经处理由工厂直接加工成微生物有机复合肥料；二是工厂生产制微生物肥料(jun种剂)供应于堆肥厂(场)，再对各种农牧业物料进行堆制，以加快其发酵过程，缩短堆肥的周期，同时还提高堆肥质量及成熟度。另外还有将微生物肥料作为土壤净化剂使用。
改良土壤作用
微生物肥料中有益微生物能产生糖类物质，占土壤有机质的0.1%，与植物粘液，矿物胚体和有机胶体结合在一起，可以改善土壤团粒结构，增强土壤的物理性能和减少土壤颗粒的损失，在一定的条件下，还能参与腐殖质形成。所以施用微生物肥料能改善土壤物理性状，有利于提高土壤肥力。
微生物菌剂与微生物菌肥的区别：
菌剂是农用微生物菌剂的简称，对应的标准是《农用微生物菌剂》（即微生物接种剂）（GB 20287-2006），是指1种或1种以上的目标微生物经工业化生产扩繁后直接使用或仅与利于该培养物存活的载体吸附所形成的活提制品，它是菌肥大类的其中一种。国标功能菌的含量为2亿/克，这是微生物肥料类中功能菌含量高的一种，是少量使用的。主要用途是与其他畜禽粪便、植物秸秆及其他动植物残体一起施用，或者发酵起到腐熟和补充有益功能菌的作用。菌剂一般包装小，2-5公斤，亩用量也是2-10公斤就可以了。