手工清洗适用于精密、复杂器械的清洗和有机物污染较重器械的初步处理。通过观察多种清洗方法的洗涤效果，发现对表面光滑的器械采用人工清洗，既能保证清洗质量，又能节约洗涤成本和提高工作效率。某些管道、精密仪器和较难清洗部位必须手工清洗，机械清洗不能全部代替手工清洗。对结构复杂的器械能拆开的部件必须拆开，仔细刷洗管道、缝隙、齿槽及关节等处，应选择不同类型和大小的软毛刷先手工初步刷洗，去除大的污物，再用清洗机清洗，以确保清洗效果。
内镜清洗之前要进行测漏。虽然由于周转率的因素很多***都做不到每次测漏，然而还是推荐尽可能提高测漏频率。漏水对内镜造成的损害严重而不可逆。
6．软式内镜要单独清洗。若与尖锐器械或物品一同清洗，或者清洗槽有锐利的棱角都有可能将内镜划破，导致漏水。
7．内镜打弯的角度要合适。在手持或者清洗的时候打弯角度不要太小，否则易造成内镜内部折叠变形；在附件插入时又不宜打弯角度过小，蛮力塞入容易导致内部管道损伤。
8．推荐使用具有生物膜去除能力的清洗剂。研究表明软式内镜的管道结构复杂且不容易做到彻底干燥，是生物膜滋生的场所。使用针对生物膜的清洗剂能够有效降低生物膜的挑战。
使用内镜操作做诊断或者做高难度时，前提要做好内镜的洗消工作。内镜洗消，主要分为”洗“和”消“两大类，在内镜洗消过程中“洗”和“消”都很重要，而“洗”这里边不能没有多酶清洗剂，而且还得使好多酶清洗剂才能起到彻底的”洗“的作用。
那么多酶清洗剂是干什么用的呢？酶通俗来讲就相当于我们家用的“洗衣粉和洗衣液”，进入***再出来的内镜要想洗干净，就必须用内镜专用清洗产品。
消化内镜在日积月累的使用过程中，会在镜身等处的表面形成一层特殊的膜，它混有***和其他脏东西，像滚雪球一样，越用越多，越用越厚，而且普通清洗难以清除，这就是生物膜。生物膜是导致临床的重要因素，要想很好的清除它，就一定要选择好的多酶清洗产品。影响清洗效果的其他因素清洗用水：不仅是温度、水量有影响，还与水质有关，水中离子浓度、微生物含量都对清洗质量有一定的影响。