消毒柜的日常使用：将洗干净的餐具荼具的水倒净，稍凉干，按类别倒放或斜放在相应的消毒室的层架上。整齐摆放在柜内层架上，注意器皿之间留一定的间隙，以免影响消毒效果，有盖的餐具应将盖子打开。通常塑料餐具应放在臭氧室，陶瓷、金属玻璃制成的餐具应放在高温消毒室消毒。关好柜门。
消毒柜是可代替普通碗柜，并起到避免洁净碗筷二次污染的保洁作用。
购买消毒柜时应该考虑家庭人口数量、居室面积、使用的场所、消毒食具的种类等等多种因素：一般三口之家或普通办公室、接待室选用100升以下容积的单门或双门消毒柜，人口多则相应容积升数可大些。居室面积小则选60升以下较合适，反之则可选70-100升。而150升-400升容积的消毒柜则主要用于酒店、食堂等公共场所的食具消毒。
消毒柜使用中注意事项除了保持一定频率的消毒，碗筷放入消毒柜前应该沥干，这也是很多市民容易忽视的地方。据了解，按消毒柜的使用要求，水洗过的餐具必须擦干或晾干后方可放入。因为消毒柜像冰箱一样，密封性较好，与外界流通不畅，长期把带水的碗筷放入消毒柜，如若仅将消毒柜当碗柜使用，红外管长期不发热，柜内的潮湿空气难以及时排出，造成柜内温度过大，霉菌容易繁殖附在餐具上。