清洗消毒室宜分开，考虑到支气管镜可能存在分枝污染的风险，有条件的机构建议气管镜的清洗消毒室单独设置；条件不具备时洗消可以放在一个房间，但不同系统（如呼吸、消化系统）软式内镜的清洗槽、内镜自动清洗消毒机应分开设置和使用。同时必须做好清洗消毒室工作人员职业防护、房间通风换气。 清洗槽清洗机应分开不同系统（如呼吸、消化系统）软式内镜的清洗槽、内镜自动清洗消毒机应分开设置和使用。清洗过程会有残留***的污染，考虑到不同系统的内镜污染的细类不同，其对常用***抵抗力也不同，一旦交叉污染可能会造成，“规范”要求应分开。《软式内镜清洗消毒规范》发布至今已3年，但是规范是否被扎实得落实到实处呢。
手工清洗还是机器清洗？
清洗效果直接决定消毒效果，特别是对于软式内镜，更多的是依靠化学消毒及灭菌，如等***短时间达不到高水平消毒，目标微生物的减少主要是清洗，残留污染物将显著影响消毒效果，所以清洗质量非常关键。
究竟是采取哪种方式清洗，面临比较大的问题，目前常常将两种清洗方式对立起来了。机器清洗对保证清洗质量的稳定性似乎更好一些，但强调机器清洗之前应该手工清洗。
无菌技术是按照严格的操作规程和管理制度，利用消毒和灭菌方法阻断微生物及其途径，其目的是阻断微生物经***、插管、换药、穿刺以及***等操作***伤口或***引发。无论是传统***还是内镜***，必须严格无菌操作，若腔镜器械上留有血迹或蛋白质等有机物，就会影响消毒灭菌效果。腔镜***有微创特点，对患者损伤小，更利于术后***，因此备受患者青睐。
腔镜器械所涉及较多，种类较多，且价格昂贵，结构复杂、精细，因此对清洗和消毒灭菌的要求也更高。有研究表明，使用含氯消毒液清洗腔镜器械的效果好，但氯离子具有一定的腐蚀作用，对腔镜器械有一定损害，因此不能使用含氯消毒液对腔镜器械进行消毒灭菌。
常用***器械手工清洗流程
1、着装规范，做好个人职业防护。
2、冲洗：将有锈的器械除锈，无锈的用流动水冲洗。拆卸的部件与螺丝拆开分别清洗，带腔隙的钳类器械如髓核钳、椎板咬骨钳用流动水冲洗的同时作加闭与松开交替动作。
3、超声清洗：将器械用蓝筐盛放，置于超声清洗机内超声洗涤8min，机内为多酶清洁剂，超声机加盖，防止气溶胶和噪音污染，器械应置于液面下2cm。
4、刷洗：用塑料刷在水面下刷洗器械的齿部、槽部及内外表面注意防止气溶胶和水滴飞溅，器械的齿部槽部及内外表面清洁要达到无污迹和锈迹，关节缝隙外需撑开反复刷洗。
5、漂洗：用流动水冲洗或在水面下浸泡防止水滴飞溅，应无清洁剂残留。
6、消毒：用***冲洗或浸泡。
7、终末漂洗：用纯化水水冲洗。
8、润滑：将器械浸泡于润滑防锈剂溶液30s，注意防止器械再次污染。
9、干燥：用干燥箱70~90℃、20min干燥。达到器械无水垢、无污物、无锈迹、关节灵活。