微生物菌肥是根据土壤微生态学原理、植物营养学原理、以及现代“有机农业”的基本概念而研制出来的。微生物肥料是以活性（可繁殖）微生物的生命活动导致作物得到所需养分（肥料）的一种新型肥料生物制品，是农业生产中肥料的一种（也称第三代肥料）。
使用注意事项
选择质量合格，过期不能用。 菌肥必须保存在低温（适温度4～10℃）、阴凉、通风、避光处，以免失效。有的jun种需要特定的温度范围，如哈茨木霉菌需要保存在2-8℃的恒温箱内，有效期为一年，而一些芽孢杆jun要根据生产质量高低，主要是看芽孢化水平，芽孢化高的能保存一年半甚至更久，芽孢化不好的达不到半年就失效，所以菜农应谨慎选择菌肥产品。
微生物菌肥，农作物的根系生长，离不开有益微生物的刺激。土壤中有益微生物的数量越多，活跃性越高，对农作物的根系生长越有利。因为土壤中的有益微生物能分解和释放养分，促进腐植质的形成，有利于对土壤中氮素的固定，有益微生物能直接参与土壤肥力的形成，但是在我们耕作的农田里，有益微生物的数量有，但是不多，因此我们应合理的人工补充。微生物菌肥与其他肥料不同，微生物肥料对光敏感，如果长时间在太阳光底下直射，就会杀四其中的有益菌，如果与部分农要混合使用，也有可能降低***的效果。菌肥如果发挥大的效果，在有机质丰富的土壤里菌肥更能发挥其肥效。
微生物菌剂在中国
高强度、复种指数高都是中国农业种植的特点，从不使用化肥农要的低产出到依赖大量化肥农要带来高收入，中国的农业一直以来都处于过度开发土地生产潜力的误区。2014年，央视《被化肥“喂瘦”的土地》引发国内对于土地健康的关注。中国的农业种植大量的使用化肥农要，尤其是大棚蔬菜，以及果树区，农要化肥的投入占据整个生产成本的三分之二。不仅使用量大，化肥利用率也低，不到30%，所以现在我们要承受放肆依赖化肥农要的后果。
微生物菌剂做为生物肥料的一类产品，绝大多数还是针对解决土壤的各种问题。微生物菌剂的使用大大减少了化肥的用量及减少污染，而且可以通过微生物之间或与植物之间的互作来增强植物的抗病与抗逆能力，这对于提高农作物品质及产量、延长农产品的采收期和自然保鲜期有着重要意义。
所以如果科学的利用微生物产品，可有效改善当下的一系列土壤问题，乃至影响到整个中国农业发展前景，这也是为什么近年来包含微生物菌剂在内的一类产品能够走俏的原因。从农业微生物肥料质检中心网站查询到，截止2016年7月，农业登记微生物肥料产品2780个，其中正式证1488个，临时1292个，微生物菌剂正式登记产品500多个，临时登记也有470多个产品。而近15年微生物肥料行业的发展数据也反映了微生物产品正逐渐成为市场主流销售产品。