质谱仪的日常维护，清洗离子源，离子源污染会造成重现性不良，应及时清洗离子源。进行离子源操作时需要戴清洁的手套。定期检查分子筛过滤器和捕集阱是否堵塞，堵塞会引起压力波动或升高。清洗离子源分为以下三个步骤：取出离子源。停止真空后，拧松真空舱旋钮，拉开舱门，用镊子拔下排斥极挡片，把导线移到左边，把离子源安装杆放在离子源上，用一字螺丝刀把离子源的两个固定螺丝拧松一圈，再用镊子把离子源的固定卡具先向右再向下移动到固***置，用一字螺丝刀把两个固定螺丝完全拧开，用安装杆取出离子源。
质谱仪的日常维护，如果有鬼峰出现，可以先切除色谱柱前端的部分长度，并视基线和柱流失情况，适时老化色谱柱。老化色谱柱时事先设定接口温度高于柱温，柱温升到色谱柱的***高使用温度附近保持1-2小时。除以上分类外，还可以从质谱仪所用的质量分析器的不同，将质谱仪分为双聚焦质谱仪、四极杆质谱仪、飞行时间质谱仪、离子阱质谱仪、傅里叶变换质谱仪等。如还不能除去色谱柱柱内残留的难挥发的成分，可切掉连接进样口一侧的色谱柱30-50cm 左右，然后老化色谱柱。当色谱柱的分离效率降低时，会影响到分离度，视情况更换新的色谱柱。
质谱仪的日常维护，质谱仪具有很高的灵敏度和分辨率，在定性和定量方面有很有优势，所以现在配置质谱仪的实验室越来越多。 相对色谱仪来说，质谱仪除了对环境的要求更高，操作和维护也更加繁琐。
质谱仪真空泵的***方法，真空泵使用到一定的时间要做***与维修。真空泵维修必须由接受过适当培训的技术员来维护，确认该技术员对泵油及系统的产物十分熟悉，