应对污染源可能存在的毒性***物进行排查，并建立污染物排放源和污水站之间的事故排放通报机制，和潜在的毒性物质日常监测机制，是防止此类厌氧反应器酸化事故的有效应对措施。
对于某些缺乏诸如N、P或其他微量元素的废水，投加足量的营养盐非常必要。因为厌氧污泥中无论是产甲1烷菌还是水解酸化菌，都需要这些元素进行新陈代谢以及合成细胞物质。
在UASB反应器中能得到一种具有良好沉降性能和高产甲4烷活性菌的颗粒厌氧污泥，因而相对其他的反应器有一定优势：颗粒污泥的相对密度比人工载体小，靠产生的气体来实现污泥与基质的充分接触，省却搅拌和回流污泥设备和能耗；启动分以下三个阶段进行，分别为启动与提高污泥活性阶段、形成颗粒污泥阶段、逐渐形成颗粒污泥床阶段：启动的初始阶段：这一阶段是指反应器负荷低于2KgCOD/(m3。颗粒污泥沉降性能良好，避免附设沉淀分离装置和回流污泥设备：反应器内不需投加填料和载体，提高容积利用率。
EGSB反应器实际上是改进的UASB反应器，区别在于前者具有更高的液体上升流速，使整个颗粒污泥床处于膨胀状态，需要反应器具有较大的高径比。三相分离器是EGSB反应器关键的构造，能将出水、沼气和污泥三相有效分离，使污泥在反应器内有效持留；启动方式：采用低浓度进水，结合逐步提高水力负荷的启动方式有利于污泥颗粒化。出水循环部分是为了提高反应器内的液体表面上升流速，使颗粒污泥与污水充分接触，避免反应器内死角和短流的产生。
所以，了解厌氧反应器的污泥总量，并以此来维持合理的运行负荷，是预防厌氧反应器出现酸化的重要手段之一。如所产生的沼气加以妥善的利用，则处理费用更会大大降低，甚至带来相当可观的利润。由于厌氧污泥中产菌对其生存条件的要求比水解酸化菌苛刻的多。
