为防止洁净室外未净化空气渗入室内，同时也为了防止洁净室内的洁净空气向外渗漏，造成能量的浪费，甚至影响室内的洁净度。给排水管道穿过洁净室墙壁、楼板和顶棚时，应设套管，套管内管段不得有接头，管道和套管之间必须用不起尘的密封材料封闭。目前净化工程行业涉及如下：食品行业：奶制品、果汁、盐类、酿酒厂、肉类加工、烘焙面包房、槟榔厂、海鲜、调料包等。
在实在无法做套管的部位，必须采取严格的密封措施，主要的密封方法有微孔海绵、有机硅橡胶、橡胶圈及环氧树脂冷胶等。洁净区内设置厕所不仅容易使洁净室受到污染,还会影响洁净区的压力控制,所以有空气洁净度要求的生产区内不宜设厕所。目前净化工程行业涉及如下：化学行业：实验室、铅酸蓄电池、电容器、无线充电技术等、电镀、塑料化工；生物制药：制药厂、无菌繁殖。
为保证生产水质不被其它给水系统污染，洁净厂房内的给水系统按照生产、生活、消防等用途不同，应分别设置。洁净厂房内的生产用水系统可按生产线的数量，分别布置，建议每条生产线给水系统的起端均设置检修阀门及计量水表，以便检修和成本核算。目前净化工程行业涉及如下：食品行业：奶制品、果汁、盐类、酿酒厂、肉类加工、烘焙面包房、槟榔厂、海鲜、调料包等。
