对含硫高的土壤和锈水田，北京生物有机肥加工，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀生物菌。对于翻浆的水田，一般不用撒肥，可采用喷雾的方法，效果更明显。
五，注意棚温、地温和水温。
施用菌肥的温度是25～37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。同时还应掌握固氮菌适温度，土壤含水量是60～70%左右。
六，因量制宜。
对于多年来用化肥的田块施用了生物菌肥不能大量减施化肥和有机肥，因农作物对化肥产生了依赖性，天然生物有机肥加工，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应，因此，阿维菌素型生物有机肥加工，其取代量应做到第壹、二、三年分别取代30%、40%和60%。磷、钾肥只能补足，不能减少。
七，因时制宜。
生物菌肥不是效肥，所以，天然生物有机肥加工，要在作物的营养临界期和大量吸收期前7～10天施用效果佳。同时对不同作物或同一作物的不同时期，要选用不同的施用方法，作物叶背茸毛的多少、叶片蜡质的厚薄都会影响其使用效果。
?生物有机肥的发展趋势
发展对策
目前世界各国对农业的可持续发展问题高度关注， 不断加大对生物有机肥的开发、生产及应用力度。中国生物有机肥产业虽然有了一定的发展，但由于多方面的原因， 仍存在一些不足和亟待改进完善的地方。未来，中国生物有机肥的发展还需从以下3 个方面进行努力。
提高产品质量
提高生物有机肥产品质量，主要从菌选育、工艺优化和开发新产品3 个方面入手。
在种选育方面，应加大对促进根系生长、转化土壤养分、防控土传病害、消减与钝化根际******物质等特定功能的农业微生物种资源的挖掘与利用。另外，为保证产品在加工、运输、储存等过程仍保持较高的生物活性， 应加强对抗逆性强的芽孢杆jun属的应用。
在工艺优化方面， 研发与建立不同固体有机废弃物堆肥资源化利用技术与工艺，根据不同来源的废弃物，建立配套工艺与技术，以满足变化多端的有机废弃物资源化利用产业需求。同时，优在2014 山东微生物肥料发展高峰论坛上提到， 未来应加强对新型肥料产品——全元生物有机肥的研发生产力度。全元生物有机肥指的是集有机肥、化肥（包括化肥、控缓释化肥、稳定性化肥）、生物肥为一体的新型生物有机肥料。简单说，就是含有无机养分、功能菌和有机质3 种养分的肥料。它既可以给当季作物提供足够的养分，还能为土壤中增加有益菌和有机质， 改良土壤中的微生物区系，使得原来有病害的土壤、养分转换慢的土壤，逐渐变成健康的土壤、养分转化快的土壤。未来应加强对新型全元生物有机肥的复配技术与工艺的研发，生产出适合不同土壤、不同作物和不同气候条件的新型全元生物有机肥料产品。
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