首先，生物有机肥施入土层不易过深。因为生物有机肥是依靠其活性来分解有机质的，其活性必须在一定的温度、湿度、透气性、有机物质的条件下才能实现。而施入太深会影响生物肥活性。因此，生物有机肥以施在地表下10 到15厘米处为宜。
生物有机肥施用时也不宜与单一化肥混施。 单一化肥因其成分单一，且酸碱程度不同，如果大量施用，势必影响生物有机肥的生物活性。因此，生物有机肥好单独施用。
主要来源于植物和（或）动物，施于土壤以提供植物营养为其主要功能的含碳物料。经生物物质、动植物废弃物、植物残体加工而来，消除了其中的******物质，富含大量有益物质，包括：多种有机酸、肽类以及包括氮、磷、钾在内的丰富的营养元素。不仅能为农作物提供面营养，而且肥效长，可增加和更新土壤有机质，促进微生物繁殖，改善土壤的理化性质和生物活性，是绿色食品生产的主要养分。生物菌肥内含有特定的体微生物，通过其生命活动促进植物营养元素的供应量吸收，有的还能释放生长素并******微生物的形成。其作用机理有改善土壤的理化特性，提供植物所需的营养元素，改善植物对营养的吸收，使叶绿素含量增加，减少呼吸作用；微生物在正常的生长中释放素，刺激作物根系的生长，使作物积累营养成分，终使产量提高；还可以增强植物抗逆性，底施微生物有机肥哪家好，***病虫害发生，降低产量损失。
生物菌肥的分类
①按jun种
枯草芽孢杆jun：增加作物抗逆性、固氮。
巨大芽孢杆jun：解磷(磷***)，底施微生物有机肥哪家好，具有很好的降解土壤中有机磷的***。
胶冻样芽孢杆jun：解钾，释放出可溶磷钾元素及钙、硫、镁、铁、锌、钼、锰等中微量元素。
地衣芽孢杆jun：抗病、杀灭***菌。
苏云金芽孢杆jun：杀虫(包括根结线虫)，对鳞翅目等节肢动物有特异性的杀活性。
侧孢芽孢杆jun：促根、杀菌及降解***。
胶质芽孢杆jun：有溶磷、释钾和固氮功能，分泌多种酶，微生物有机肥哪家好，增强作物对一些病害的抵抗力。
泾阳链霉菌：具有增强土壤肥力、刺激作物生长的能力。
菌根***：扩大根系吸收面，增加对原根毛吸收范围外的元素(特别是磷)的吸收能力。
棕色固氮菌：固定空气中的游离氮，增产。
光合菌群：是肥沃土壤和促进动植物生长的主力队。
凝结芽孢杆jun：可降低环境中的氨气、硫画氢等***气体。提高果实中氨基酸的含量。
米曲霉：使秸秆中的有机质成为植物生长所需的营养，阿维菌素型微生物有机肥哪家好，提高土壤有机质，改善土壤结构。
淡紫拟青霉：对多种线虫都有防治效能，是防治根结线虫有前途的生防制剂。
②按功能
有固氮作用的菌肥：包括根瘤菌、固氮菌、固氮蓝藻等。
分解土壤有机物的菌肥：包括有机磷***和复合***等。
分解土壤中难溶性矿物的菌肥：包括硅酸盐***、无机磷***等。
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