无尘车间的设计不仅要求对室内的空气进行净化达到规定的空气洁净度等级，还必须防止因无尘车间的建造用材料、装饰方式不当带来的污染，有的无尘车间还要求供给纯水、超纯气体和高纯的***等。食品无菌室严格无菌操作，防止微生物污染；操作人员进入无菌室应先关掉紫外灯。 食品净化车间应设有无菌操作间和缓冲间，无菌操作间洁净度应达到10000级，室内温度保持在20-24℃，湿度保持在45-60%。超净台洁净度应达到100级。 洁净车间无菌室应保持清洁，严禁堆放杂物，以防污染。
净化车间布局
净化车间的布局既要便于各生产环节的相互衔接，又要便于加工过程的卫生控制，防止生产过程交叉污染的发生。食品加工过程基本上都是从原料—→半成品—→成品的过程，即从非清洁到清洁的过程，因此，加工车间的生产原则上应该按照产品的加工进程顺序进行布局，使产品加工从不清洁的环节向清洁环节过渡，不允许在加工过程中出现交叉和倒流。清洁区与非清洁区之间要采取相应的隔离措施，以便控制彼此间的和物流，从而避免产生交叉污染，加工品传递通过传递窗进行。要在车间内适当的地方，设置工器具清洗，消毒间，配置供工器具清洗，消毒用的清洗槽，消毒槽和漂洗槽，有冷热水供应。
施工中会出现各种矛盾，需要施工方与设计、建设方合作，在保证洁净室施工质量的前提下进行合理变更。如在对某洁净室改扩建工程检查中发现，原设计的风管尺寸在主体大楼楼层高度受限制的吊顶层内根本无法施工，后经施工方与设计人员和建设方协调，在不影响工程质量的前提下，将风管尺寸从方形变为扁形，既满足了风量要求，又保证了施工吊顶高度的要求。
