空气分子控制主要应对空气分子污染(AMC)，这类污染的控制要比粒子污染困难许多。回风管及回风口处理：图纸设计为侧墙面回风，为了保证墙面平整，不增加凹凸面，将回风立管移至***室的两斜对角处。说到粒子污染的控制，先要确定粒子的粒径与个数，然后才能进行相应的设计。只是对于空气分子污染，需要控制的除了芯片线宽外，还有工艺、设备、材料与传送系统等，所以这类污染的控制一直就是业界的难题。总体上来说，正是因为很难有效控制空气分子污染，致使该问题成为了影响相关产品成品率的重要问题。
管道通过围护结构时，首先要有良好的固定结构，在使用过程中不得晃动或移位，以保证密封效果。洁净室风管做法、标记的基本线有直角线、垂直平分线、平行线、角平分线、直线平分线和圆平分线。安装***和密封处理应有机结合。在金属墙板上开的每个孔的周边均应附***框架，大型风管的加固应防止前后左右移动。管壁与金属墙板之间的缝隙应用胶水或橡胶海绵填塞，然后用密封胶处理。洁净室的内部装修所用的材料和组件应符合设计要求，不符合要求的外购件应符合质量和标准。金属壁板应符合标准规范要求，并应有质量保证书和性能试验报告，包括防火报告和合格证。
如果密封带分别设置在门盒和门风扇中，则必须注意两者之间的良好连接，减少密封条在门缝中的中断间隙。
食品厂洁净室的地板和墙壁、墙壁和墙壁、墙壁和天花板应用硅胶密封。例如在大规模集成电路生产的光刻***工艺中，作为掩膜板材料的玻璃与硅片的热膨胀系数的差要求越来越小。所有干净的房间窗户、干净的门和隔板间隙都需要用密封胶密封。吊顶表面平整度差小于2mm，各接缝平直度必须小于1.5mm，各接缝高度必须小于1mm，各接缝间隙不大于0.5mm，墙板垂直度误差小于1度。
在集成电路的制造过程中,被加工的是单一的硅片,从原材料到产品需要进行几百道物理、化学加工工序,其间如果遭受污染,就会引起产品大量报废,例如64 MDR***,在制造过程中,空气中尘埃粒径应被控制在0.035μm以下;环境微振动值应控制在4.5X10-3mm/s以下,在光刻工序,很小的微振动会引起对位不准,影响产品的成品率。其中理化分析实验室主要对所受到的原料、包装材料、中间体和成品进行理化鉴别、含量测定和其它检验，以确保它们符合法定要求和企业内部的质量标准。其他如精密机械加工、光学器件检测、激光实验、超薄金属轧制以及理化实验等都需要对微振动进行控制。
