饮料灌装机设备内部无菌环境的建立和维持，在无菌水冲瓶、无菌物料灌装和封盖设备上配置法国LA?CALHENE公司的微生物隔层和100级空气净化系统，根据不同区域的洁净度要求，设置不同的空气正压，即洁净度要求高区域的空气压力大于洁净度要求低的区域，使可能有污染的空气不会进入高洁净度要求的无菌空间。目前用于无菌灌装的盖子杀菌方法有：喷雾法、喷冲法、紫外线照射法。
当饮料灌装机通过使用前检查无碍后，即可进行使用，使用中需要注意安全设备功能是否正常。在每次关机后重开前，需要检查水箱、链板、传送带、储盖箱等是否有异常，同时要注意水源、电源、气源是否接通，在检查设备无碍后，再合上主电源QF，电源指示灯亮起，故障指示灯、急停指示灯不亮才可以按动操作控制箱上的启动按钮和灌装处启动开关，开始机器的整体运作，要停止机器运作，需要在灌装处和控制箱处按停止按钮，停机后应关掉主电源。
为了更好的发展灌装行业市场，企业都在不断的努力高新技术为灌装机设备带来更多的进步。2015-2020年纯净水灌装机行业深度分析报告受到了很多的热点。该报告从国际纯净水灌装机发展、国内纯净水灌装机政策环境及发展、研发动态、进出口情况、***生产企业、存在的问题及对策等多方面多角度阐述了纯净水灌装机市场的发展，并在此基础上对纯净水灌装机的发展前景做出了科学的预测，对纯净水灌装机***潜力进行了分析。
真空法灌装是在低于大气压力的条件下进行灌装。它有2种基本方式：一种是差压真空式，让储液箱内部处于常压状态,而只对包装容器内部抽气，使其形成一定的真空度，液料依靠两容器内的压力差，流入包装容器并完成灌装;另一种是重力真空式，让储液箱和包装容器都处于接近相等的真空状态，液料靠自重流入该容器内。
压力法灌装是借助机械或气液压等装置控制活塞往复运动，将黏度较大的液料从储料缸吸入活塞缸内，然后再强制压入待灌容器中。这种方法有时也用于汽水之类软饮料的灌装，由于其中不含胶体物质，形成泡沫易于消失，故可依靠本身所具有的气力直接灌入未经预先充气的瓶内，从而大大提高了灌装速度。